EXplication de texte avec REFLECT

Reflect est un service gratuit qui met en valeur les gènes, protéines et noms de petites molécules sur une page web, en quelques secondes. En cliquant sur un terme tagué, une fenêtre affiche des informations complémentaires. Reflect peut être installé comme plugin pour Firefox ou Internet Explorer.

Le projet est maintenu par l’EMBL, en particulier la base dictionnaire qui contient 4,3 millions de noms de petites molécules et 1,5 millions de protéines de 373 organismes. Les informations affichées dans les fenêtres pop-up proviennent de différentes bases de données factuelles comme PubChem, PDBsum, SMART …

REFLECT fait partie de ces tentatives d’extraction d’entités nommées des pages web : noms de personnes, de lieux, d’entreprises… Cela apporte une réelle valeur ajoutée à la recherche d’information. Les sciences de la vie sont particulièrement actives dans la recherche de méthodes de text mining. La communauté a créé BioCreAtIvE (Critical Assessment of Information Extraction systems in Biology) pour évaluer ces développements.

Un petit exemple illustrera le produit :

1- Installez Reflect depuis http://reflect.ws
2- Recherchez des articles avec Scholar Google. exemple : allintitle: p53 thymocyte
http://scholar.google.fr/scholar?hl=fr&q=allintitle%3A+p53+thymocyte&btnG=Rechercher&lr=&as_ylo=&as_vis=03- Affichez un résultat :
http://www.nature.com/nature/journal/v362/n6423/abs/362849a0.html4- Cliquez sur le bouton Reflect : le logiciel analyse la page et met en valeur (tag) les noms de protéines et de gène (en bleu) et de petites molécules (en jaune).

Biblio

– Pafilis E, O’Donoghue SI, Jensen LJ, Horn H, Kuhn M, Brown NP, et al. Reflect: augmented browsing for the life scientist. Nat Biotech. 2009 27(6):508-510.

http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n6/full/nbt0609-508.html

– A critical assessment of text mining methods in molecular biology, Granada, Spain. March 28–31, 2004

http://www.biomedcentral.com/1471-2105/6?issue=S1

JPL


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