Archives de l’auteur : jeanpierrelardy

EXplication de texte avec REFLECT

Reflect est un service gratuit qui met en valeur les gènes, protéines et noms de petites molécules sur une page web, en quelques secondes. En cliquant sur un terme tagué, une fenêtre affiche des informations complémentaires. Reflect peut être installé comme plugin pour Firefox ou Internet Explorer.

Le projet est maintenu par l’EMBL, en particulier la base dictionnaire qui contient 4,3 millions de noms de petites molécules et 1,5 millions de protéines de 373 organismes. Les informations affichées dans les fenêtres pop-up proviennent de différentes bases de données factuelles comme PubChem, PDBsum, SMART …

REFLECT fait partie de ces tentatives d’extraction d’entités nommées des pages web : noms de personnes, de lieux, d’entreprises… Cela apporte une réelle valeur ajoutée à la recherche d’information. Les sciences de la vie sont particulièrement actives dans la recherche de méthodes de text mining. La communauté a créé BioCreAtIvE (Critical Assessment of Information Extraction systems in Biology) pour évaluer ces développements.

Un petit exemple illustrera le produit :

1- Installez Reflect depuis http://reflect.ws
2- Recherchez des articles avec Scholar Google. exemple : allintitle: p53 thymocyte
http://scholar.google.fr/scholar?hl=fr&q=allintitle%3A+p53+thymocyte&btnG=Rechercher&lr=&as_ylo=&as_vis=03- Affichez un résultat :
http://www.nature.com/nature/journal/v362/n6423/abs/362849a0.html4- Cliquez sur le bouton Reflect : le logiciel analyse la page et met en valeur (tag) les noms de protéines et de gène (en bleu) et de petites molécules (en jaune).

Biblio

– Pafilis E, O’Donoghue SI, Jensen LJ, Horn H, Kuhn M, Brown NP, et al. Reflect: augmented browsing for the life scientist. Nat Biotech. 2009 27(6):508-510.

http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n6/full/nbt0609-508.html

– A critical assessment of text mining methods in molecular biology, Granada, Spain. March 28–31, 2004

http://www.biomedcentral.com/1471-2105/6?issue=S1

JPL

Visite en ligne de 17 musées

Google a lancé mardi 1er février Art Project, débouché d’un partenariat signé avec dix-sept des plus grands musées de la planète, dont le château de Versailles, le Metropolitan Museum of Art et le MoMA, à New York, la National Gallery et la Tate Britain.

Le site s’appuie sur les technologies de Street View, le complément de Google Maps et Google Earth, qui permettent de se déplacer en 3D dans l’environnement extérieur et intérieur des musées.

1 061 tableaux ont été numérisés accompagnés de notes explicatives. Chaque musée a choisi un tableau particulier numérisé avec une résolution de plus de 14 milliards de pixels. Cette fois c’est la technologie Artwork View qui est utilisée.  Le tableau choisi par Versailles est le portrait de Marie-Antoinette avec ses enfants. Des liens vers You Tube permettent de compléter l’information.

Dans le château, on peut se déplacer d’une pièce à l’autre grâce à un plan. De même une liste des tableaux permet d’afficher directement une œuvre.

En entrant avec son compte Gmail, on peut se constituer son propre musée virtuel et le partager.

lire Google et 17 musées du monde entier vous dévoilent Art Project, mardi 1 février 2011

JPL

Bisbille dans l’open source …

LibreOffice, une suite bureautique libre et gratuite, est disponible en version finale 3.3.

Mais qu’est-ce que LibreOffice ?

L’année 2010 a connu des évolutions, changements de nom de produits phares des logiciels libres :

Ainsi OpenOffice est devenu Libre Office, MySQL est devenu SkySQL.

Cette situation n’est pas toujours très claire à comprendre.

Ces changements s’appellent des forks dans le monde de l’informatique. Un fork est un nouveau logiciel créé à partir du code source d’un logiciel existant lorsque les droits accordés par les auteurs le permettent, ce qui est le cas dans l’Open Source.

Ainsi le 28 septembre 2010 est créé The Document Foundation pour le développement de la suite LibreOffice, fork de la suite bureautique OpenOffice.org, par une communauté de développeurs et de contributeurs de cette dernière.

Ces divers développements avaient le soutien humain et financier de la société SUN issue de l’Université de Stanford. Le 20 avril 2009 Sun est racheté par Oracle Corporation.  Depuis la politique de soutien aux logiciels Libres n’est plus la même. ORACLE a une politique en contradiction avec l’open source d’où la création des forks par des développeurs insatisfaits du rachat de Sun Microsystems par Oracle Corporation.

On retrouve ce mélange des genres dans la publication scientifique avec le modèle hybride proposé par les éditeurs commerciaux.

JPL

OpenEdition freemium : l’offre premium du Cléo pour le libre accès

L’édition en Accès Libre (Open Access) repose essentiellement sur le modèle « auteur payant ».

Ce modèle est inadapté aux disciplines pauvres que sont les Sciences humaines et sociales.

C’est pourquoi le Cléo propose un autre modèle dit Freemium (agrégation de Free et Premium).

En étant gratuits, les services gagnent des millions d’utilisateurs et un faible pourcentage de ces utilisateurs est intéressé par des fonctionnalités Premium payantes qui financent la totalité de la plateforme.

Freemium sera lancé le 15 février 2011.

voir l’annonce http://cleo.cnrs.fr/936

JPL

98 d’index h pour le chercheur inconnu !!!

Google Scholar est un moteur de recherche qui lance ses robots sur les serveurs universitaires. Il n’y a aucun contrôle des documents indexés pourvu qu’ils aient l’apparence d’articles scientifiques.

Ceci peut conduire à des « farces » comme l’a montré l’enseignant-chercheur Cyril Labbé de l’université Joseph Fourier (Grenoble 1).

Cyril Labbé a créé de toutes pièces un chercheur et ses articles qu’il a déposés sur son site web indexé par GS.

Voir

http://www.vousnousils.fr/2010/12/24/ike-antkare%C2%A0-le-chercheur-renomme%E2%80%A6-qui-n%E2%80%99existe-pas-457616

NB : Ce problème n’existe pas dans les bases de données bibliographiques qui choisissent les journaux à signaler.

C’est arrivé à Lyon…

Les Archives municipales de Lyon présente une exploitation intéressante d’un de leur fonds.

L’application s’intitule C’est arrivé à Lyon : elle affiche les événements de toute nature ayant eu lieu le jour de la consultation du site. Un formulaire de recherche permet d’interroger la base de données des événements de Lyon.

« Cette dernière a été réalisée à partir d’un fichier manuscrit constitué entre 1959 et 1988 par l’archiviste paléographe, alors en charge des Archives municipales, Henri Hours et son équipe. Elle contient des événements de toute nature arrivés à Lyon entre 61 av. J.C. (installation à « Lugdunum » de colons italiens de Vienne, chassés par la révolte des Allobroges) et décembre 1988. »

Plus de 11 ooo événements sont déjà entrés dans la base.

JPL

Firefox dépasse IE en Europe

La lutte contre les monopoles a du bon : la Commission européenne a forcé en 2010 Microsoft à intégrer un écran de choix du navigateur dans les systèmes d’exploitation Windows vendus sur le sol européen. Douze navigateurs dont Internet Explorer, Firefox, Google Chrome, Opera et Safari sont présentés à l’utilisateur lors de la configuration de Windows alors qu’avant IE était le navigateur imposé.

Le choix est donc conséquent et la concurrence a obligé Microsoft a faire évoluer son navigateur qui était resté le même pendant des années.

Lancé en 2004, Firefox est devenu en 6 ans le navigateur web dominant en Europe. Mais c’est surtout  Chrome, le navigateur de Google, qui progresse le plus.

Safari et Opera ne décollent pas.

JPL

Les données de recherche en libre accès

Le mouvement pour l’Accès Libre (Open Access) à l’information scientifique s’est surtout focalisé sur les résultats de la recherche par :

– la voie verte ou Green OA : dépôt des pré ou post-publications dans des sites institutionnels.

– la voie dorée ou Gold OA : les auteurs publient leurs articles dans les revues en libre accès qui rendent leurs articles accessibles gratuitement en ligne dès leur publication.

Cependant un autre aspect se développe : le dépôt des données de recherche de toute nature. Ce problème a été mentionné dès 2003 à la Déclaration de Berlin.

Les 13 et 14 décembre 2010 à Cologne a lieu une conférence qui fera le point sur ces différents aspects du Mouvement Open Access.

http://www.oaod2010.de

JPL

Arrêt du moteur de recherche Ask.com

Le moteur Ask arrête son service de recherche basé sur une technologie issue de la société Teoma. La technologie Teoma a comme postulat que la société humaine et le Web se composent de multitudes de petites communautés. Ces dernières sont axées autour d’autorités et de hubs :

  • une autorité est un site qui possède des milliers de liens entrants,
  • un hub est un site qui possède des milliers de liens sortants.

En général, une autorité est liée par beaucoup de hubs et vice versa.

Il faut donc identifier autorité et hub à partir des liens entre sites.

voir SEO Nul.

En juillet 2010, Ask a lancer un service de questions/réponses : l’utilisateur pose une question en langage naturel et Ask cherche une réponse parmi une base de données de 500 millions de requêtes répertoriées. C’est un retour aux sources et à sa mascotte Buttler Jeeves, un valet qui présentait les réponses sur un plateau.

JPL

L’UPMC va résilier son abonnement ScienceDirect

L’Université Pierre et Marie Curie va résilier son abonnement à ScienceDirect, le bouquet électronique de journaux scientifiques d’Elsevier, suivant en cela l’exemple d’universités américaines.
L’augmentation continue des tarifs (5 % à 17 % par an), l’absence de possibilité de choix dans les titres font partie des raisons à cette décision.
On aurait aimé voir aussi apparaître un argument prenant en compte les avantages de l’Open Access. Malheureusement bien peu d’universités françaises ont une politique en la matière.

La création de 4 à 5 méga monopoles mondiaux dans l’édition scientifique (puisqu’il n’y a pas concurrence entre revues scientifiques mais complémentarité) a conduit la plupart des bibliothèques universitaires à abandonner les bases de données bibliographiques pour se concentrer sur les bouquets de journaux en texte intégral.  L’offre documentaire s’est ainsi considérablement appauvrie au fil des ans.

Parallèlement le mouvement d’Accès Libre (Open Access) continue son développement  et offre une alternative à l’édition commerciale.

Cependant cela ne sera possible que lorsque les universités auront défini une politique comme l’ont fait plusieurs universités en Europe comme l’ULg de Liège.

JPL