Nouvel appel à projets GIS Réseau URFIST ouvert jusqu’au 15 octobre 2022

Ce nouvel appel est destiné à soutenir des projets de recherche et/ou de soutien à la recherche dans le domaine de l’information scientifique et technique, et de la science  ouverte. L’appel permet à la fois de proposer des pré-projets pour lesquels un budget d’amorce est sollicité ainsi que des projets plus ambitieux pouvant reposer sur un budget plus conséquent.
Les projets proposés s’inscriront prioritairement dans les thématiques suivantes :


Axe 1. Données de la recherche en science ouverte (enjeux éthiques et juridiques)
L’objectif de cet axe est d’encourager les propositions qui permettent d’interroger, de délimiter, d’accompagner et de rendre compréhensibles les enjeux autour des données de la recherche.
L’appel concerne des projets qui cernent les dimensions éthiques, méthodologiques et
juridiques, du travail des chercheurs concernant les données par exemple, ceux débouchant sur la rédaction de chartes éthiques au sein des universités ou des instances disciplinaires. Le conseil scientifique attend ici des éléments pour mieux saisir et identifier les besoins, les difficultés rencontrées, mais aussi les initiatives que portent les chercheurs, les laboratoires, les universités et les collectifs disciplinaires confrontés à des questions pratiques. Il s’agit aussi de montrer les opportunités offertes par le développement de la question éthique dans la recherche.
Les nouveaux enjeux de publication des données induits notamment par les principes FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) et l’utilisation de notebook type Jupyter interrogent également sur les spécificités des données selon les disciplines et la nécessité de comprendre les questionnements éthiques et juridiques qu’elles peuvent supposer par exemple dans le cas d’enquêtes ethnographiques, d’extraction de données issues des réseaux sociaux numériques et de travaux qui rendent difficiles l’anonymat des personnes intéressées.
L’axe privilégie les approches qui permettront d’avoir une meilleure vue et compréhension d’ensemble de pratiques dispersées et parfois hétérogènes. Des synthèses, des rapports, des tutoriels, des FAQ, des supports didactisés dans un contexte national, européen et international sont ici bienvenus. Sur ces aspects, le projet peut également s’inscrire dans l’axe pédagogique de l’appel.

 

Axe 2. Évaluation de la recherche (nouveaux modes d’évaluation/ quels enjeux pour autorités et « auctorialités » scientifiques face aux légitimités médiatiques ?)
L’intérêt croissant pour la science ouverte et les interrogations des citoyens renouvelle les questionnements autour de l’autorité scientifique et de l’usage légitime ou non qui est fait des publications scientifiques dans le débat public au travers de différents types de médias. Les mises en avant d’autorités scientifiques devenues « populaires » ou la publicité donnée à certains travaux de recherche contribuent sans doute à une meilleure prise en compte de la science dans la société, mais elles interrogent également les relations entre autorité scientifique et popularité médiatique, entre légitimité validée par des pairs et influence gagnée par des soutiens médiatiques ou viraux, dans un contexte général de remise en question de certaines formes d’évaluation de la recherche.
Plusieurs questions méritent d’être examinées :
Comment comprendre les mécanismes de (dé)construction de l’autorité scientifique ?
Comment distinguer l’expertise profane de celle de l’expertise scientifique, particulièrement dans les environnements numériques ? Comment éviter une réduction
de l’autorité scientifique à de seuls critères scientométriques et permettre une biblio
diversité ?
Dans des contextes situés, peuton apprécier objectivement les évolutions des pratiques d’évaluation de la recherche ? (commentaires ouverts, changement d’indicateurs scientifiques….)
Comment envisager des métriques alternatives qui concilient approches qualitatives et quantitatives ?
Quel est limpact de la montée en puissance des logiques algorithmiques et performatives et des transformations du référencement des productions scientifiques (Academia, Researchgate, Youtube) sur les représentations et les pratiques des chercheurs ? Quelles tactiques personnelles ou institutionnelles peuvent être mises
en œuvre ?
Comment les incitations à produire une science à impact social contribuent à redéfinir
de nouvelles formes d’« auctorialités » scientifiques ?

3. Axe innovation pédagogique
Le projet souhaite favoriser le développement d’offres pédagogiques en lien avec l’IST
destinées aux communautés de recherche. Les ancrages thématiques et disciplinaires sont ouverts.
Sont attendus des projets qui facilitent le développement d’offres pédagogiques dans deux directions :
la réalisation de supports de cours, de syllabus, ainsi que le recensement de retours d’expérience pédagogique divers, dans différentes disciplines, sur des enseignements de méthode ou sur des enseignements disciplinaires
le recensement d’outils pédagogiques autour de bases de données disponibles et utiles pour l’enseignement

L’appel souhaite encourager les projets facilitant la rédaction de data papers notamment au sein des SHS ainsi que ceux qui favorisent l’ingénierie de la recherche en science ouverte.
Cet axe souhaite recevoir des propositions qui reposent sur la production de « ressources éducatives ouvertes » en vue de réutilisations facilitées avec dépôt sur la plateforme Callisto https://callistoformation.fr (non exclusivement).


4. Axe blanc
Cet appel est destiné à soutenir des projets de recherche et/ou de soutien à la recherche dans le domaine de l’information scientifique et technique.
Le comité attend ici des propositions originales sur des thématiques peu traitées ou des
propositions hors des thématiques proposées.


Recommandation générale pour tous les axes
Le comité souhaite encourager les initiatives qui visent à faciliter la reprise des contenus produits et des développements logiciels réalisés. Une place doit être envisagée pour la documentation des résultats, des livrables ou des logiciels.


La proposition mentionnera un intitulé court du projet, les noms et coordonnées des porteurs, une présentation argumentée, mais synthétique des objectifs, de la méthodologie et des moyens qui seront mis en œuvre pour les atteindre, les résultats attendus et livrables à l’issue du projet, la composition de l’équipe projet, un calendrier prévisionnel et un budget faisant apparaître les éventuels cofinancements et le montant demandé au GIS.
Les projets s’inscrivent dans une durée maximale de deux ans.
En cas de succès, les porteurs de projets s’engagent à participer à la journée de restitution des projets organisée par le GIS « Réseau URFIST ». Les rapports finaux, ou d’étape, feront l’objet d’un dépôt sur HAL dans la collection «seau URFIST ».

Téléchargez l’Appel_projets_GIS_URFIST_2022 

Modèle à suivre pour répondre à l’appel GIS

Les projets seront envoyés par courriel avant le 15 octobre 2022 à l’adresse suivante : depotprojets@gisreseauurfist.fr


Calendrier :
Ouverture de l’appel à projets : 30 juin 2022
Date limite de dépôt des propositions : 15 Octobre 2022
Réponses : 15 novembre 2022

 

Réseau URFIST, ActivISTe depuis 40 ans (1982-2022)

logo 40 ans réseau urfistEn 2022, le réseau des 7 Unités Régionales de Formation à l’Information Scientifique et technique (URFIST) fête ses 40 ans ! L’occasion de faire un point d’étape et de communiquer sur nos tendances et nouvelles perspectives !

D’un dispositif au départ expérimental en 1982, difficile d’imaginer à ce moment-là que les URFIST seraient toujours présentes pour vous former 40 ans plus tard.

En 2010, une nouvelle étape est franchie avec la création de l’Association du Réseau des URFIST (ARU) afin de fédérer les 7 Unités. 

visuel 30 ans réseau urfistEn 2012, le réseau URFIST fêtait ses 30 ans https://urfistreseau2012.wordpress.com/ A cette occasion, Denis VARLOOT et Lydia MERIGOT, Inspectrice générale honoraire des Bibliothèques, ancienne responsable de la Formation à la DBMIST présentaient la création des URFIST comme suit :

“Denis Varloot, qui fut de 1981 à 1987 directeur de la DIST puis de la DBMIST à la direction générale de l’enseignement supérieur et de la recherche, rappellera les origines des URFIST dans le contexte d’une époque où rares étaient les chercheurs formés à l’interrogation de banques de données, encore plus rares les étudiants qui y avaient accès. Il situe cette création dans le cadre de la politique conduite par la DBMIST, installation de terminaux dans les BU, rôle des conservateurs, « ticket modérateur »…  Lydia Mérigot, qui était déjà responsable de l’équipe de formateurs du temps de la DICA, avant la DIST, complétera cet exposé en présentant le dispositif très original mis alors en place, son caractère inédit et les obstacles qu’il fallut surmonter pour créer et faire vivre ces « unités », dont la durée montre qu’elles répondaient à un besoin manifeste.” Source https://urfistinfo.hypotheses.org/introduction-sur-levolution-des-politiques-de-list-par-denis-varloot

Que de souvenirs de parler de bases de données, sur lesquelles l’URFIST de Lyon a longtemps animé un répertoire des bases de données, DADI, toujours visible sur la Wayback machine https://web.archive.org/web/20130701133013/http://dadi.univ-lyon1.fr/

Source https://cursus.edu/fr/8623/dadi-repertoire-de-bases-de-donnees-gratuites-disponibles-sur-internet

page accueil dadi urfist lyon

Depuis 10 ans, l’écosystème de l’IST se modifie avec l’ancrage des pratiques numériques de recherche. Les problématiques se retrouvent guidées entre les volontés des communautés scientifiques, les choix politiques et les intérêts économiques dont les orientations se discutent au niveau européen autour de la science ouverte.  

carte réseau urfistAu croisement de ces enjeux, les 7 unités composées majoritairement d’un binôme conservateur des bibliothèques et enseignant-chercheur ont formé en 2021 : 9 756 personnes et organisé quelque 2 500 heures de formation.

Nous vous proposons dans ce premier billet #40ansURFIST de nous raconter autour de quelques dates qui ont marqué ces 10 dernières années et qui marqueront celle en cours :

page d'accueil sygeforDans une logique de mutualisation pour s’inscrire à nos différentes actions, l’application SYGEFOR ( “Système de gestion de formation”, https://sygefor.reseau-urfist.fr/) déployée dès 2005 permet de centraliser et automatiser la gestion et les inscriptions à l’ensemble des formations et rencontres scientifiques du réseau des URFIST.  La dernière version (2015) poursuit cette logique en proposant un code open source librement téléchargeable, repris et complété pour leurs besoins propres par d’autres organismes de formation comme les CRFCB. Si l’application s’adapte depuis longtemps à la diversification des modalités pédagogiques des URFIST (présentiel, à distance, hybride ; formations d’une URFIST ou au niveau du réseau), des développements sont prévus prochainement pour accompagner toujours au mieux les personnels URFIST, mais surtout les stagiaires (informations par SMS).

page d'accueil formadoct

Le site Formadoct (https://formadoct.doctorat-bretagneloire.fr/) est destiné principalement aux doctorants et aux formateurs à la maîtrise de l’information. Un ensemble de tutoriels couvre les questions liées à la production, la circulation et la publication de l’information scientifique. Formadoct s’adresse en priorité aux doctorants des établissements de Bretagne et des Pays de la Loire mais son accès libre ouvre son contenu à l’ensemble du monde académique.

page d'accueil doranum

DoRANum (http://doranum.fr), “Données de la Recherche Apprentissage Numérique”, voit le jour en décembre 2017. Ce dispositif de formations d’accès coordonné, intègre différentes ressources pédagogiques et combine plusieurs modes d’apprentissage sur la thématique des données de la recherche. Il sensibilise notamment aux principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable et Réutilisable).La Plateforme est maintenue et alimentée par le réseau des URFIST, l’inist-Cnrs et des partenaires en fonction des besoins. Son évolution s’effectue à travers un projet en cours de réalisation nommé “DoRANum Disciplinaire” dans lequel des ressources et des parcours d’apprentissage dédiés à des domaines de recherche ou des types de données seront proposés. Cette suite viendra alimenter la plateforme DoRANum et Callisto (formation en ligne).

publication la lettre de l'urfist

De 1995 à 2005, l’URFIST Occitanie a coordonné l’édition papier puis numérique de la Lettre de l’URFIST. Les archives de cette publication sont disponibles sur notre site internet et rassemblées dans une collection HAL sur ArchiveSIC. Cette publication témoigne à elle seule des évolutions des préoccupations autour de l’IST partagées par le Réseau des URFIST et les partenaires de formation en France. Cette publication s’est ensuite transformée en blog jusqu’en 2010 pour devenir le carnet Hypothèses URFISTInfo sur lequel nous communiquons toujours aujourd’hui. 

page d'accueil callisto

Suivre les évolutions en matière de formation aussi bien sur le fond que sur la forme fait partie de l’ADN des URFIST. Ainsi, à la faveur du confinement de 2020, porté par le MESRI et en association avec d’autres partenaires de formation (Réseau des CRFCB et Inist-Cnrs) est né le projet de plateforme de formation ouverte à distance Callisto-formation. Ce Moodle permet d’abriter les projets pédagogiques existants comme les formations hybrides déjà conçues, et d’en proposer de nouvelles comme le SPOC QUERO, FLSO, DoRAnum disciplinaire et d’autres à venir. 

page d'accueil journée nationale d'étude 2021

Les membres du réseau URFIST organisent tous les deux ans une journée nationale d’études. En septembre 2021, elle a été organisée à l’Université Claude Bernard Lyon 1 par l’URFIST de Lyon. La thématique était  « Méthodes numériques et pratiques scientifiques : Quelles influences des technologies numériques sur la recherche     scientifique ? ». En effet, la production scientifique s’inscrit désormais dans un écosystème numérique qui influence les pratiques des chercheurs et chercheuses. 

Les algorithmes d’extraction, d’apprentissage automatique et de visualisation des données ont des conséquences sur la collecte, le traitement et la publication des résultats. Les enjeux sont multiples quant à la pérennité, l’accessibilité, la sécurité, la souveraineté voire la gouvernance des technologies sur lesquelles s’appuie le processus de création de connaissances. 

Mais finalement, qu’est-ce que l’instrumentation numérique a fait à la science, et de la science ces dernières années ? Nous avons bien entendu interroger les enjeux de formation lors de tables rondes. 

Le public était de 80 personnes en présentiel et à distance. Les vidéos vont être mises à disposition sur Canal U. En attendant vous pouvez consulter le site web https://urfistjne2021.univ-lyon1.fr/.  

Cette thématique sera explorée dans le cadre de la “semaine numérique des Urfist” en juin 2022.              

affiche semaine numérique des urfist 2022

Depuis 2020, le réseau des URFIST organise en juin une semaine inter-URFIST et à distance de rencontres, conférences et ateliers. Appelée Open Science Week en 2020 et 2021, elle prend désormais le nom de Semaine Numérique des URFIST. Série de petits formats, la Semaine Numérique permet aux publics des URFIST de découvrir et de se former à des thématiques et outils aussi variés que les cahiers de laboratoires, la médiation scientifique, la reproductibilité de la science, la recherche participative, les outils de gestion des notes de lecture, les logiciels d’enquête, les data paper, les entrepôts de données, etc. 

Cette année, la Semaine Numérique des URFIST aura lieu du lundi 13 au vendredi 17 juin. La journée du jeudi est une journée d’étude, qui en 2022 sera l’occasion d’un retour sur les projets de recherche financés par le GIS réseau URFIST. 

page d'accueil gis réseau urfist

Depuis le 1er janvier 2021, l’Université de Strasbourg porte le GIS “réseau URFIST” créé en 2017. Le GIS qui réunit 17 partenaires  a  pour objectif de renforcer le lien entre la recherche et la formation dans l’activité des URFIST et de structurer cette  activité de recherche au niveau national et international autour de thèmes relatifs à l’information scientifique et technique. Le GIS permet également de développer les coopérations et les échanges de pratiques entre partenaires en matière de formation, de diffusion, de veille et d’expertise.

Le jeudi 16 juin les différents projets de recherche financés par le GIS depuis 2017 seront présentés à l’Ecole Nationale des Chartes à Paris.

Outre des informations sur ces différents thèmes qui arriveront tout au long de cette année sur ce blog, on espère vous rencontrer le 16 juin  à Paris fêter avec vous ce bel âge #40ansURFIST!

Le Réseau URFIST

8 ème Journée nationale du réseau URFIST :

Méthodes numériques et pratiques scientifiques : Quelles influences des technologies numériques sur la recherche scientifique ?

Le réseau URFIST (Unités régionales de formation à l’information scientifique et technique) organise sa 8ème journée nationale d’étude. 

Elle se déroulera le 30 septembre 2021, sur le campus de la Doua à Villeurbanne de 9h30 à 17h.

Au cours de cette journée, et avec la contribution des dix intervenant·e·s nous échangerons sur la thématique suivante : « Méthodes numériques et pratiques scientifiques : quelles influences des technologies numériques sur la recherche scientifique ? 

La journée sera rythmée autour de trois questionnements :

  1. Les enjeux transversaux majeurs liés au numérique modifient-ils en profondeur les pratiques scientifiques ? 
  2. Quelles pratiques scientifiques ces technologies numériques influencent-elles concrètement?  
  3. Dans le cadre des formations dispensées aux communautés scientifiques universitaires, faut-il suivre le rythme incessant d’arrivée de nouveaux outils pour équiper les pratiques scientifiques ? 

Modalités de participation

La journée se déroulera au Théâtre Astrée (Université Lyon 1​, Campus La Doua, Villeurbanne) , sur présentation du pass sanitaire.

  • En raison d’une forte demande, nous proposerons une visioconférence (sans garantie de résultats), se connecter à partir de 9h25.
  • une inscription gratuite est nécessaire pour accéder au lien  ;
  • Toute demande d’attestation de présence nécessite une inscription à la journée

Pour plus d’information sur le programme et les intervenant.e.s.

Cette journée fera l’objet de captations vidéo accessibles ultérieurement.  Elle est co-financée par le GIS “reseau urfist” et l’Association du réseau des Urfist;

FAIR-Aware, un outil d’auto-évaluation de ses pratiques de gestion de données

Le deuxième Plan national pour la science ouverte, présenté le 6 juillet dernier par la ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation Frédérique Vidal, se fixe comme objectif dans son deuxième axe de “Structurer, partager et ouvrir les données de la recherche”. Plus encore, ce Plan insiste sur la nécessité de “faire en sorte que les données produites par la recherche publique française soient progressivement structurées en conformité avec les principes FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables, réutilisables)”.

Cette préoccupation se retrouve également au cœur des exigences des financeurs de la recherche, et notamment de la Commission européenne. Celle-ci invite en effet depuis plusieurs années les chercheurs dont elle subventionne les projets à s’attacher à FAIRiser leurs données, et a choisi de structurer explicitement ses modèles de plan de gestion de données autour de ces principes, dans une rubrique “FAIR data”.

Genèse de l’outil

Pour aider les chercheurs à respecter ces exigences, et faciliter la mise à disposition de données de qualité, le projet FAIRsFAIR (“Fostering FAIR Data Practices in Europe”) s’efforce de leur fournir divers outils et solutions pratiques, élabore des normes mondiales pour la certification FAIR des référentiels et des données qu’ils contiennent, et contribue aux politiques et pratiques qui feront du futur European Open Science Cloud (EOSC) une infrastructure opérationnelle1.

Dans cette optique, trois des partenaires du projet (le Digital Curation Centre au Royaume-Uni, l’Université de Brême en Allemagne et le Data Archiving and Networked Services aux Pays-Bas) ont publié en juin 2020 l’outil FAIR-Aware, un petit questionnaire d’auto-évaluation en ligne visant à sensibiliser ses utilisateurs à l’importance des principes FAIR dans la gestion et la valorisation de leurs données, en lien avec leur diffusion dans des entrepôts.

FAIR-Aware se présente sous la forme d’un formulaire de 10 questions, consacrées à chacun des principes FAIR, et propose des explications complémentaires et suggestions d’approfondissement sur l’ensemble des thématiques abordées (identifiants pérennes, archivage, etc.). Il aide ainsi les chercheurs à mieux comprendre les enjeux d’une bonne gestion de données, et s’efforce de proposer des pistes de perfectionnement concrètes.

Il peut aussi être utilisé lors d’une formation ou d’un atelier de sensibilisation à la bonne gestion des données de recherche, en servant de trame au propos de l’animateur : cette façon de faire a été testée avec succès à l’URFIST de Paris…

Naissance d’une version française

Devant l’intérêt flagrant de l’outil, il a vite semblé dommage qu’il ne soit disponible qu’en anglais, au risque de décourager certains utilisateurs potentiels. Aussi a-t-il vite semblé intéressant à l’URFIST d’en proposer une traduction en français, et c’est en ce sens que des contacts ont été pris dès l’été 2020 avec l’équipe de DANS, qui suit de près le développement et l’adoption de FAIR-Aware. Le service IST de l’Institut de Recherche pour le Développement ayant eu la même idée, nous avons travaillé conjointement à l’adaptation de l’outil, entre décembre 2020 et mars 2021. Contexte sanitaire oblige, tous les échanges URFIST-IRD ainsi que les points réguliers avec DANS ont eu lieu à distance, mais sans que cela n’ait d’impact particulier sur le projet, qui se prêtait assez bien à un tel mode opératoire ! Même la langue n’a pas été une barrière lors des discussions en visioconférence, même si les notions de français de certains membres de l’équipe de DANS nous ont été précieuses pour éclaircir certains points…

C’est que l’adaptation de FAIR-Aware n’a pas posé uniquement des questions lexicales. Ce travail mené en commun a également été l’occasion pour nos collègues de DANS d’avoir des retours sur les formulations choisies dans le texte original, et de réfléchir à des modifications utiles pour leurs propres usages. Les passages de FAIR-Aware relatifs aux vocabulaires sémantiques, notamment, ont posé question : les chercheurs ont-ils tous une bonne idée de ce que peut être une ontologie, un vocabulaire contrôlé ? Jusqu’où peut-on se permettre de simplifier certains concepts, tout en préservant leur richesse ?

D’autres questions se sont également posées sur le référentiel à adopter pour le choix du domaine de recherche. Même si certains référentiels “français” comme celui du Hcéres ou de HAL auraient pu paraître plus adaptés aux pratiques des utilisateurs, il a finalement été décidé de rester fidèles au référentiel original, basé sur la classification Re3data2, de façon à pouvoir comparer les réponses au questionnaire sans avoir à fournir de table de mapping entre les disciplines. Certaines adaptations ont en revanche été nécessaires pour les propositions de réponse aux questions relatives au poste occupé par le répondant, ou à son employeur3.

Ce genre d’interrogation, qui s’était déjà posé lors de la conception de la version originale de l’outil, est la raison pour laquelle FAIR-Aware comprend également un sous-ensemble de questions visant à recueillir l’avis de ses utilisateurs sur l’outil, notamment sur la formulation des différents points abordés et leur pertinence. Les informations ainsi récupérées serviront à améliorer l’outil, mais aussi à mieux connaître les pratiques de ses utilisateurs en matière de gestion des données de recherche.

De la traduction à la mise en ligne

En parallèle de la traduction proprement dite s’est posée la question du vecteur de diffusion de l’outil. La plateforme DoRANum, qui hébergeait ou signalait déjà un certain nombre d’outils utiles à la gestion des données de recherche, s’est très vite imposée comme une évidence, et un accord de principe avec l’équipe responsable de la plateforme (Inist-CNRS et réseau des URFIST) a pu être conclu dès janvier 2021. Des membres du service Formation-DoRANum ont ainsi rejoint le projet, avec le soutien du service web de l’Inist-CNRS.

Le code-source de FAIR-Aware, prévu dès le départ pour être très simple d’utilisation et d’intégration au sein d’un site internet, est librement téléchargeable sur Github, ce qui a beaucoup facilité le travail de l’équipe DoRANum. Après quelques nouvelles réunions en visio associant les équipes techniques de DANS, la version française de FAIR-Aware a ainsi pu être mise en ligne début juillet 2021, dans la rubrique “Enjeux et bénéfices” de DoRANum aux côtés des explications sur les principes FAIR !

Et maintenant ?

L’outil FAIR-Aware est appelé à évoluer, en fonction des retours de ses utilisateurs. Les partenaires du projet FAIRsFAIR vont continuer à l’améliorer, et s’efforceront d’en proposer de nouveaux cas d’usage : il se murmure qu’à l’automne prochain, il devrait être possible pour un formateur de lancer une session personnalisée de FAIR-Aware, et d’en recueillir les réponses pour mieux connaître les usages de son groupe de stagiaires…

D’une manière générale, les réponses au questionnaire en français seront collectées par DANS, en même temps que les réponses au questionnaire en anglais. Du fait de l’alignement des questions entre les deux versions, cette mutualisation permettra de générer des statistiques globales. Les données produites lors des utilisations de la version française de l’outil seront également transmises deux fois par an à l’Inist-CNRS, pour mieux connaître les pratiques et attentes propres à la communauté francophone, ce qui permettra de faire évoluer la version française de l’outil en parallèle de la version anglaise.

N’hésitez pas à vous emparer de l’outil, et à nous transmettre vos retours d’expérience à son sujet !

De l’autre côté du projet : le retour d’expérience de Linas Cepinskas (DANS)

Avez-vous reçu des demandes de traduction de FAIR-Aware dans d’autres langues ?

Depuis le lancement de FAIR-Aware, nous avons en effet reçu plusieurs demandes concernant la traduction de l’outil. Nous espérons que cette collaboration réussie avec nos collègues français inspirera d’autres enthousiastes de la Science Ouverte à rendre FAIR-Aware disponible dans différentes langues, et à atteindre un public plus large en Europe et au-delà.

Qu’est-ce ce que ce genre de projet de traduction peut apporter à la version originale de FAIR-Aware ?

La promotion multilingue des pratiques FAIR de gestion des données nous permet d’augmenter considérablement notre audience, ce qui ne serait pas possible avec la seule version en anglais. Comme le montre l’exemple de la version française de FAIR-Aware, la traduction permet également de faire émerger des besoins spéciaux et de s’adapter aux contextes particuliers des différents utilisateurs. C’est d’autant plus important que le niveau de connaissance et de compréhension des principes FAIR est assez hétérogène, et les infrastructures de soutien à ces principes très variées. Chaque traduction peut être adaptée pour des communautés particulières d’utilisateurs, ce qui garantit que l’outil reste pertinent et à jour.

Bien que l’équipe du projet n’ait pas prévu initialement la traduction de FAIR-Aware dans d’autres langues, cette collaboration réussie avec l’Inist-CNRS, l’URFIST de Paris et le service IST de l’IRD démontre l’intérêt croissant et la nécessité de mettre de tels outils à la disposition des chercheurs dans différents pays.

Quels sont les autres outils proposés par FAIRsFAIR qu’il serait intéressant de découvrir en parallèle de FAIR-Aware ?

Parallèlement à FAIR-Aware, FAIRsFAIR propose F-UJI, un service en ligne permettant d’évaluer automatiquement le caractère FAIR de jeux de données spécifiques, sur la base d’indicateurs développés par le projet FAIRsFAIR.


  1. Source : site internet du Cines.
  2. Elle-même basée sur la German DFG classification.
  3. La notion de “personnel d’appui à la recherche” est légèrement plus large en français qu’en anglais, et celle d’e-infrastructure de recherche a été fusionnée avec celle d’infrastructure en français.

Appel à candidatures pour former le Conseil Scientifique du GIS « Réseau URFIST »

CONTEXTE

Les Unités Régionales de Formation à l’Information Scientifique et Technique (URFIST) ont pour mission la formation, la recherche, la veille et l’expertise en IST. Elles travaillent prioritairement en direction des enseignants-chercheurs, des doctorants et des professionnels de l’IST. Le Réseau des URFIST a souhaité pouvoir s’appuyer sur une structure porteuse, lui permettant notamment de développer des partenariats élargis, de monter des projets en renforçant la dimension recherche et de répondre plus efficacement à divers appels à projets. Cette volonté a abouti à la création d’un Groupement d’Intérêt Scientifique (GIS) en 2017. Ce dernier a fait l’objet d’un renouvellement pour 4 ans à compter d’octobre 2020. Il regroupe 15 partenaires. Pour plus de précisions sur le GIS et ses projets : http://gis-reseau-urfist.fr

Pour renforcer le lien entre la recherche et la formation dans le cadre des actions menées par les URFIST et structurer une activité de recherche au niveau national et international, le GIS est doté  d’un conseil scientifique composé  de 4 membres minimum et 8 maximum. Ses membres sont désignés intuitu personae par le conseil des partenaires du GIS, pour une durée de trois ans renouvelable une fois. Le conseil veille en particulier à une diversité  des champs disciplinaires en lien avec l’IST ainsi que des  établissements/organismes représentés.

MISSIONS

Les missions du conseil scientifique, instance consultative, sont :

– de rendre un avis sur les projets et demandes de financement soumis par les partenaires,

– formuler des recommandations sur les orientations scientifiques du GIS et faire des propositions d’actions,

– rendre un avis sur le rapport d’activité et le rapport financier présentés annuellement par le directeur du GIS,

– organiser l’évaluation scientifique des programmes de recherche sélectionnés par le GIS dans les conditions déterminées par le conseil des partenaires.

ATTENDUS

Il est attendu des candidats qu’ils aient une bonne connaissance de l’IST et de sa structuration, une réelle perception de ses enjeux nationaux et internationaux, la volonté de développer la recherche dans le domaine, et la disponibilité nécessaire pour s’engager à siéger régulièrement. Les compétences scientifiques et spécifiques mobilisées peuvent être variées et toucher aux diverses disciplines en lien avec l’IST.

PROCEDURE

Sur la base des déclarations d’intention reçues, le conseil des partenaires sélectionnera les futurs membres du conseil scientifique lors d’un prochain conseil des partenaires en juin 2021.

Chaque déclaration d’intention doit comporter un Curriculum vitae et une courte lettre d’intention. Les candidatures doivent être envoyées dans les conditions décrites ci-dessus avant le 13 Septembre à Elsa Poupardin (epoupardin at unistra.fr ), directrice du GIS et représentante de Université de Strasbourg, établissement porteur du GIS, avec copie au président du Conseil des partenaires : Marc Bergère (marc.bergere at univ-rennes2.fr).

[Appel à contributions] Colloque « Étudier les pratiques numériques au sein des communautés scientifiques »

Initiée par le Comité pour la science ouverte, l’enquête nationale SOSP – State of Open Science Practices in France a pour but de faire un état des lieux des pratiques en matière d’outils numériques et de données de la recherche dans les communautés scientifiques françaises. Après un état de l’art à l’échelle nationale et internationale, le questionnaire en ligne a récolté près de 1 100 réponses, et 30 entretiens semi-directifs ont été passés courant 2020. Le traitement des données récoltées est en cours d’achèvement, en vue de leur communication et de leur mise à disposition.

Pour mieux appréhender les changements et les nouvelles problématiques induits par le numérique et les données de la recherche dans les pratiques des chercheurs, les enquêtes se développent en France et à l’étranger. Au-delà des résultats des enquêtes, ce sont la conception, la passation, l’analyse, la communication des résultats et la reproductibilité de ces enquêtes qu’il convient désormais d’interroger de manière globale.

Le colloque Étudier les pratiques numériques au sein des communautés scientifiques. Regards sur les outils et les données au prisme de la science ouverte se tiendra en ligne le jeudi 24 juin.

Les soumissions sont attendues pour le 19 avril, sur la plateforme Sciencesconf.

Site du colloque : https://opensp.sciencesconf.org/

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Motion de l’association du réseau des Urfist contre le projet de loi de programmation de la recherche pluriannuelle (LPPR)

L’association du réseau des Unités régionales de formation à l’information scientifique et technique (URFIST) a pris connaissance du projet de loi de programmation de la recherche pluriannuelle (LPPR) et tient à exprimer son opposition à ce projet, qui constitue une menace pour la réussite et l’indépendance de la recherche publique française.

L’association du réseau des URFIST considère que les conditions nécessaires au rayonnement et à l’attractivité de la recherche publique française passent notamment par :

  • La garantie et l’augmentation significative des budgets récurrents de l’ensemble des établissements afin de donner aux chercheurs et enseignants-chercheurs une plus grande sérénité et la liberté d’action pour mener une recherche ambitieuse, moins tributaire des financements ponctuels.
  • La garantie d’une recherche publique indépendante, basée sur la collaboration et la confiance et non sur le clivage entre les chercheurs qui, comme l’a souligné le Comité d’Éthique du CNRS (COMETS), est propice au développement de conduites inappropriées [1].
  • Un renforcement de l’emploi permanent et statutaire, pour lutter contre la précarité croissante des personnels de l’enseignement supérieur et la recherche, précarité qui risque d’être renforcée avec la mise en place des « tenure tracks » et CDI de mission scientifique proposés par la LPPR.
  • Une juste rémunération des personnels de l’enseignement supérieur et de la recherche par une véritable revalorisation salariale et des carrières motivantes.

L’association du réseau des URFIST déclare en outre son attachement aux libertés universitaires et au statut particulier des chercheurs et enseignants-chercheurs.

Par conséquent l’association du réseau des URFIST demande que le projet de loi actuel soit abandonné et qu’un nouveau projet voie le jour, élaboré de façon collégiale par les personnels de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche.

 

[1] ‘Communiqué du Comité d’Éthique du CNRS (COMETS) portant sur les textes du projet de Loi de Programmation Pluriannuelle de la Recherche, rendus publics en juin 2020.’, COMETS, 2020 <https://comite-ethique.cnrs.fr/1932-2/>

Travailler à distance sur la médiatisation des plans de gestion de données : retours d’expérience

Ce billet a en partie été relu et enrichi par les auteur et autrices des interventions présentées: Cécile Arènes, Anne Busin, Sylvie Cocaud, Benjamin Faure, Dominique L’Hostis et Marie Garambois. Qu’elles et il en soient ici remerciées et remercié.

En juin 2019 a été lancé un groupe de travail sur l’accompagnement aux plans de gestion de données, qui réunit des formateurs de tous types d’établissements, tous profils et toutes disciplines. Animé par un groupe de pilotage constitué de représentants de l’EHESS, l’Inist-CNRS, l’INRAE et le réseau des URFIST, ce GT échange régulièrement sur la liste de discussion gt-dmp@groupes.renater.fr des retours d’expérience de formations, des contenus pédagogiques ou des éléments de veille. Il permet également l’organisation d’ateliers de travail et de réflexion sur des thématiques en lien avec les PGD, dont les derniers ont eu lieu cet été.

2020, un contexte qui s’annonçait favorable aux PGD ?

Les recommandations émanant de financeurs de la recherche ou d’organismes scientifiques en faveur de la rédaction de plans de gestion des données de recherche ne datent pas d’hier. Mais ces recommandations tendent également à se transformer en exigences pour un nombre croissant de décideurs, et notamment pour l’Agence nationale de la recherche (ANR) en France. Cet organisme, qui a financé 1157 projets en 2019, exige en effet depuis l’an dernier pour chacun de ces projets que lui soit remis un nouveau livrable : un plan de gestion de données de recherche (PGD, aussi appelé data management plan ou DMP).

2020 s’est donc rapidement annoncée comme une année propice à la mise en place de nouveaux services d’accompagnement à la rédaction de tels documents, en particulier le printemps, date à laquelle les porteurs de projets lauréats de financement devaient s’atteler à la rédaction de la première version du livrable exigé par les financeurs (dans les 6 mois du début du projet).

Même si la crise sanitaire a particulièrement compliqué les choses en forçant l’annulation de formations devant se tenir en présentiel, cette période a tout de même été l’occasion de réfléchir à de nouveaux formats et supports de formation ou d’auto-formation, à distance ou sur un mode hybride, et de développer ceux qui existaient déjà.

Parmi ces actions, on peut relever par exemple :

  • Une semaine de la science ouverte entièrement en ligne, organisée du 15 au 19 juin par l’URFIST Méditerranée et proposant des ateliers sur les PGD ou sur l’utilisation de DMP-OPIDoR ;
  • De nouvelles dates pour les webinaires régulièrement organisés par l’INRAE sur les données de la recherche et les PGD ;
  • Un webinaire organisé le 25 juin dernier par l’Inist-CNRS pour présenter DMP-OPIDoR (autres dates prévues à l’automne) ;
  • L’atelier Dialogu’IST du 9 juillet consacré à la préservation des données de la recherche ;
  • Et bien d’autres actions encore, comme le lancement par les bibliothèques de Lyon 1 et de Grenoble Alpes Université du projet DATACC (dispositif d’ACCompagnement sur les DATA), qui propose des ressources sur les PGD.

Nouvelles pédagogies, nouveaux sujets de réflexion

Outre ces réflexions sur les transformations pédagogiques exigées par la situation sanitaire, le printemps 2020 a également été pour le GT-DMP l’occasion d’échanger autour de certaines questions spécifiques liées aux plans de gestion, et de réfléchir aux besoins ressentis par les formateurs et accompagnateurs eux-mêmes pour aller plus loin dans leur offre pédagogique.

C’est ainsi qu’ont émergé plusieurs thématiques, que le GT a souhaité creuser spécifiquement. La première d’entre elles concernait le fait que les plans de gestion de données, que l’on peut assimiler en partie à des chartes de bonnes pratiques, ont ou pourraient avoir en réalité une utilité qui dépasse le cadre des projets de recherche scientifique. Les entreprises privées, notamment, s’intéressent de plus en plus à ce type d’outil, de même que des services publics extérieurs à la recherche scientifique, comme des municipalités.

Mais c’est également un outil indispensable à une bonne gestion des données au sein des laboratoires, ou plus généralement, des structures de recherche. En effet, comment s’assurer que tous les membres d’une grosse unité puissent bénéficier d’outils adaptés pour le stockage, le traitement et la sauvegarde de leurs données ? Au sein d’espaces de stockage partagés, comment savoir quelles données concernent quels projets, et qui a le droit d’en faire quoi ? Comment faire en sorte que des chercheurs qui travaillent à plusieurs sur des mêmes fichiers adoptent une politique cohérente pour le nommage et le classement des données ? Comment gérer les données issues de fusions ou de scissions d’équipes de recherche, ainsi que les mouvements de chercheurs d’un laboratoire à un autre ?

Le PGD est un outil indispensable pour répondre à ces questions, même si évidemment toutes les rubriques qui structurent habituellement un modèle de PGD « classique » ne sont pas forcément pertinentes dans ce cadre.

Un autre point fréquemment soulevé lors des formations auxquelles les membres du GT-DMP prennent part concerne les efforts à déployer lors de la rédaction de PGD, notamment par les chercheurs, et le découragement qui peut gagner certains porteurs de projets face à ce qu’ils ressentent souvent comme une lourdeur administrative. Ils se retrouvent ainsi parfois à devoir rédiger plusieurs documents différents, dans lesquels il s’avère finalement que les informations à indiquer sont quasiment les mêmes. Les déclarations de conformité RPGD, par exemple, contiennent des informations qui pourraient presque être reprises telles quelles dans certaines rubriques de PGD. De même, les démarches à accomplir auprès de Comités d’éthique ou de Comités de protection des personnes peuvent mobiliser des éléments qui trouvent aussi leur place dans les PGD.

Afin de permettre cet échange d’informations entre le PGD et d’autres documents, mais aussi entre le PGD et des logiciels, plateformes ou autres outils de curation et de gestion de données comme des entrepôts, ou encore entre le PGD et des systèmes de pilotage administratif et financier de la recherche, une solution existe : le machine-actionable data management plan (maDMP, soit un plan de gestion exploitable par des machines). Ce nouveau modèle de PGD permet de structurer l’information qu’il contient de façon à ce que celle-ci puisse être rendue Facile à trouver, Accessible, Interopérable et Réutilisable par toutes sortes de programmes et logiciels, par le biais d’API notamment. Ainsi, le fait de renseigner un volume de données attendu dans une rubrique de PGD pourrait automatiquement entraîner la « réservation » de l’espace nécessaire dans un cloud ou un entrepôt, ou encore renseigner dans le logiciel budgétaire de l’établissement concerné le montant nécessaire à l’achat du matériel de conservation adéquat.

Ces maDMP, sur lesquels travaille notamment un groupe de la Research Data Alliance dont les réalisations sont mises à disposition sur Github, en sont encore à leurs débuts. Cependant, des outils d’aide à la rédaction de PGD s’efforcent dès maintenant d’intégrer ce genre de fonctionnalités supplémentaires, comme le logiciel Data Stewardship Wizard, notamment utilisé aux Pays-Bas et en République Tchèque.

C’est aussi le cas de DMP OPIDoR, pour lequel les équipes techniques de l’Inist préparent actuellement une nouvelle version interrogeable par API.

Enfin, un autre sujet de préoccupation récurrent cette fois-ci non pas chez les chercheurs eux-mêmes, mais davantage chez les personnels chargés de l’appui à la recherche qui souhaitent les accompagner : quelle position adopter pour parler de plans de gestion aux chercheurs et chargés de projets, et comment communiquer sur ses actions consacrées à ce sujet quand on n’est pas soi-même un praticien de la recherche ou que l’on n’a pas l’occasion de les croiser très fréquemment ?

Cette question avait notamment été posée lors de la formation de formateurs aux PGD proposée en janvier dernier à l’URFIST de Paris (sur une idée du GT-DMP et avec la collaboration de l’URFIST Occitanie), et revient fréquemment lors de discussions informelles avec les professionnels de l’IST. L’échange de bonnes pratiques et les retours d’expérience partagés sont souvent ce qui fournit les pistes de réponse les plus riches. Mais à l’heure du coronavirus, force est de constater que les occasions se font de plus en plus rares pour ces échanges à bâtons rompus…

Ces trois thématiques ont néanmoins fait l’objet de deux ateliers de travail à l’été 2020, tous deux tenus au format visioconférence. Le premier s’est tenu le 25 juin 2020, et était ouvert à tous les abonnés de la liste de diffusion GT-DMP. Il a finalement réuni 26 personnes, qui ont pu discuter des deux premières thématiques présentées :

  • Les plans de gestion de données appliqués aux structures de recherche, avec un retour d’expérience de Sylvie Cocaud et Dominique L’Hostis, documentalistes à l’INRAE ;
  • Les évolutions de DMP-OPIDoR, avec une présentation de la nouvelle version de l’outil et de ses pistes de travail en direction du maDMP, par l’équipe de l’Inist menée par Anne Busin et Benjamin Faure.

Un deuxième atelier, réservé, du fait de son format plus participatif, aux membres de l’équipe pilotage du GT-DMP, s’est également tenu le 9 juillet 2020, et a porté sur la question de la communication sur les PGD auprès des chercheurs. Il a été animé par Marie Garambois, responsable du département Publications & Open Access, et Cécile Arènes, chargée de mission Data & Science ouverte, toutes deux conservatrices au SCD de Sorbonne Université.

Atelier du jeudi 25 juin 2020

Les PGD-structures : retour d’expérience à INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, résulte de la fusion en 2020 de l’Inra (Institut national de recherche agronomique) et de l’IRSTEA (Institut national de recherche en sciences et technologies pour l’environnement et l’agriculture). Une nouvelle direction, la Direction pour la Science Ouverte (DipSO) contribue à l’élaboration et à la mise en œuvre de la politique de science ouverte de l’institut.

Les structures de recherche au sein d’INRAE sont très diverses. Différents documents de cadrage et chartes incitent en particulier les unités expérimentales et les infrastructures de recherche engagées dans une démarche de labellisation à produire un plan de gestion. 

Par ailleurs, certaines personnes qui avaient eu l’occasion d’assister à une formation sur les PGD « projets » depuis 2017 (directeurs d’unités, gestionnaires de données, responsables de plateformes d’analyse…) souhaitaient initier une démarche de création de PGD structures pour :

  • Organiser la gestion des données de la structure,
  • Disposer d’un document de référence, par exemple pour des plateformes proposant des prestations d’analyse,
  • Faciliter la production de PGD projets pouvant exploiter les informations du PGD structure.

Sylvie Cocaud et Dominique L’Hostis ont ainsi pu mettre en place en mars 2018 un groupe de travail dédié, rassemblant 14 membres issus de 9 structures et 5 départements scientifiques différents, qui a produit en janvier 2019 une première version de modèle de plan de gestion structure pour INRAE.

Les débuts des travaux du GT n’ont pas toujours été très faciles : pratiques et attentes différentes des membres (les préoccupations d’un directeur d’unité ne sont pas forcément les mêmes que celles d’un responsable de plateforme d’analyse de données), peu d’exemples existants applicables à INRAE (PGD de grosses infrastructures internationales de calcul ou d’analyse)

Le modèle de PGD structure d’INRAE a été mis à disposition sur DMP-OPIDoR en janvier 2019 et une deuxième version produite en février 2020 pour prendre en compte la nouvelle fonctionnalité   « Produits de recherche ». Ce modèle comporte 9 rubriques et 39 questions.

Pour rédiger un plan selon ce modèle, une structure doit commencer par définir les « produits de recherche » qui seront utilisés, liés soit au type d’activité soit à la source des données.  La démarche a été accompagnée par un programme de classes virtuelles et des formations plus longues dédiées. Une vingtaine d’unités expérimentales ont ainsi été formées début 2020, et ont produit une dizaine de PGD.

Au total, depuis 2019, 173 PGD structures ont été créés (en incluant les plans de test et plans inachevés), ce qui témoigne d’un réel intérêt des chercheurs pour ce type de document. Les unités y voient avant tout un outil d’optimisation de leurs pratiques de gestion, un moyen d’améliorer leur visibilité et de valoriser les données produites dans une démarche de science ouverte. Ils peuvent également faciliter les réponses à des appels à projets. INRAE manque encore de recul sur ces nouvelles bonnes pratiques. Des retours d’expérience complémentaires sont attendus.

L’atelier a également été l’occasion pour S. Cocaud et D. L’Hostis de présenter la démarche suivie par 3 structures très différentes :

  • Génobois, une plateforme de phénotypage des propriétés physico-chimiques du bois et hydrauliques des arbres, qui a tiré profit d’un travail préalable en vue d’obtenir la labellisation ISC et a utilisé DMP-OPIDoR de manière collaborative, mais a rencontré des difficultés liées à des questions de propriété intellectuelle ;
  • L’Unité Expérimentale d’Écologie et d’Écotoxicologie aquatique (U3E), une unité multi-sites qui fédère et exploite de multiples sources de données, chacune faisant l’objet d’un produit de recherche spécifique dans DMP-OPIDoR ;
  • L’Unité de Recherche des Forêts Méditerranéennes (URFM), qui mène des recherches pluridisciplinaires en écologie pour une gestion durable des écosystèmes forestiers méditerranéens en produisant des données à flux constant sur le long terme (sans temporalité « projet ») et a abouti à un PGD divisé en 5 modes de gestion différents.

Les échanges qui ont suivi cette présentation ont notamment porté sur les disciplines dans lesquelles il serait éventuellement plus ou moins facile d’implémenter ce genre de PGD structure. Les structures à forte dominante SHS, notamment, ne semblent pas s’être complètement emparées du sujet, ou en tout cas n’ont pas encore été repérées sur ces questions.

Il est également ressorti des échanges entre participants que des PGD structure à trop grande échelle (université multidisciplinaire par exemple) semblent très difficiles à proposer et à maintenir.

Les évolutions de DMP OPIDoR

L’outil DMP OPIDoR, mis en ligne en 2016, était au départ basé sur le code open source de l’outil DMPonline, plateforme de rédaction en ligne de PGD proposée par le Data Curation Centre (Royaume-Uni). En 2018, DMP OPIDoR a ensuite adopté le code open source Roadmap, issu de la fusion des codes des plateformes DMPTool et DMPonline. L’outil a été adapté aux pratiques françaises, notamment avec l’inclusion d’exemples parlants pour la communauté.

DMP OPIDoR est largement connu dans la communauté des utilisateurs et des formateurs aux PGD, cependant Anne Busin, membre de l’équipe DMP OPIDoR de l’Inist, est revenue au début de l’atelier sur l’onglet Produit de recherche, proposé depuis juillet 2019 dans DMP OPIDoR. Cette fonctionnalité va permettre de distinguer au sein des données produites ou utilisées par un projet plusieurs ensembles distincts, qui pourront faire chacun l’objet d’une gestion spécifique concernant leurs formats, métadonnées, enjeux juridiques ou éthiques, conditions de réutilisation, etc. Le type de Produit de recherche à renseigner s’appuie sur la liste issue du Schéma DataCite 4.3.

Anne Busin a ensuite présenté les nouvelles fonctionnalités de DMP OPIDoR version 2.3.0, déployée au début du mois de juin, parmi lesquelles notamment :

  • La possibilité d’exporter le PGD par produit de recherche
  • L’apparition d’un nouvel onglet dédié à la Demande d’assistance conseil, mais qui n’apparaît que si l’établissement de rattachement de l’utilisateur connecté a activé cette fonctionnalité (par le biais de son Administrateur)
  • Davantage de droits accordés aux Administrateurs d’un établissement, qui peuvent par exemple :
    • créer des structures rattachées à leur établissement (dans le but de mieux identifier les utilisateurs associés à l’établissement), mais cela suppose que les utilisateurs aient déclaré leur structure de rattachement dans leur profil et doit donc faire l’objet d’une communication spécifique ;
    • éditer les profils des utilisateurs rattachés à leur établissement, gérer leurs droits (y compris pour leur attribuer des droits de relecture de plans) et en exporter la liste au format CSV ;
    • accéder à des statistiques concernant les PGD rattachés à leur établissement (les chiffres du mois en cours ne sont pas pris en compte, mais les plans de test le sont) ;
  • Et enfin davantage de droits pour les Super-Administrateurs (Inist notamment), qui peuvent ainsi agir sur les organismes eux-mêmes pour les désactiver (quand deux établissements fusionnent) ou fusionner ou archiver des comptes utilisateurs.

Enfin, Benjamin Faure a présenté les pistes d’évolution actuelles de DMP OPIDoR en vue de proposer une version machine-actionable du PGD, de façon à rendre les contenus interrogeables et récupérables par des API. Les objectifs poursuivis par l’Inist sont ainsi d’éviter aux chercheurs une double saisie des informations sur certains points (questions éthiques et juridiques, lien avec le RGPD, informations relatives à la sécurité des systèmes d’information…), et de pallier leur manque de connaissances des services existants, standards, vocabulaires contrôlés ou autres en intégrant à l’outil des référentiels structurés, permettant l’interopérabilité entre plusieurs outils. Les informations pourront ainsi être échangées entre services et systèmes d’information tout au long du cycle de vie des données, dans la ligné des Dix Principes pour un maDMP proposé par Miksa et al. en 2019.

Cette montée de version de DMP OPIDoR étant encore en cours de réalisation (avec un déploiement espéré pour 2021), l’équipe technique s’efforce actuellement de recueillir auprès de ses utilisateurs des cas d’usage nécessitant de tels échanges entre outils et systèmes.

 À terme, chaque information saisie dans DMP OPIDoR sera structurée sur plusieurs niveaux, et en les couplant le plus souvent possible à des référentiels et standards (implémentés par les utilisateurs eux-mêmes si besoin), de façon à pouvoir être facilement réutilisée pour d’autres usages. Ainsi, une réponse à la question « Quelles données utilisez-vous ? » pourra être structurée en différents champs :

  • Titre
  • Description
  • Identifiant
  • Coût lié
  • Etc.

Qui seront chacun subdivisables en sous-champs, par exemple :

  • Identifiant :
    • Type d’identifiant (liste de valeurs contrôlée : DOI, Handle…)
    • Valeur de l’identifiant
  • Coût lié :
    • Type de coût (liste de valeurs contrôlé : RH, logiciel, matériel…)
    • Valeur du coût :
      • Montant
      • Devise utilisée

Les informations du PDG sont enregistrées de manière structurée. Certaines informations pourront également être réutilisées à plusieurs endroits du plan (ex. : nom du contact pour les données). Ce mode de fonctionnement permettra également de valider la saisie de certaines informations (vérification de la chaîne de caractères, par exemple pour savoir si une adresse mail est bien formatée ou si une date est renseignée selon la norme ISO).

Les informations ainsi saisies seront notamment rendues disponibles au format JSON, structuré et interopérable.

En revanche, au vu des spécificités techniques de cette future nouvelle version, un travail de mapping sera probablement nécessaire à la conversion des PGD actuels dans ce nouveau format machine-actionable, dans le respect des attentes et des demandes des administrateurs DMP-OPIDoR.

Le rôle de ces derniers sera particulièrement important et attendu dans cette transition vers un nouveau « paradigme OPIDoR ». En effet, les discussions qui ont suivi la présentation de l’Inist ont notamment porté sur les risques potentiels de perte d’utilisateurs qui se retrouveraient démunis face à l’augmentation du degré d’informatisation du processus. Où placer le curseur entre cadrage précis de l’information demandée et contraintes sclérosantes, entre orientation vers de bonnes pratiques techniques standardisées et sensibilisation générale au cycle de vie de la donnée ? Autant de questions qui devront faire l’objet d’un effort particulier pour communiquer auprès des personnes amenées à participer à la rédaction de tout plan de gestion de données.

Atelier du jeudi 9 juillet 2020

Et c’est justement cette question de la communication qui a été abordée lors du second atelier de travail du GT-DMP par Marie Garambois et Cécile Arènes, conservatrices de bibliothèque à Sorbonne Université.

Car même si les professionnels de l’IST en charge de la sensibilisation et de l’accompagnement aux PGD côtoient parfois depuis longtemps le monde de la recherche, il n’est pas toujours évident de se comprendre entre ces deux mondes.

Le début de l’atelier a ainsi été l’occasion de revenir sur la différence entre

  • l’information : le contenu du message, que les professionnels IST comprennent et maîtrisent souvent (ex. : « Il est utile de rédiger un PGD parce que… », « Votre organisme de financement demande à ce que vous déposiez vos données… ») ;
  • et la communication : la façon de transmettre cette information, qui suppose notamment de se demander :
    • qui communique ? puis-je me positionner en tant que technicien(ne) ? en tant que personne ayant fait des études supérieures dans la discipline concernée ? en tant que représentant(e) d’un autre service ou d’une autre personne ? quels sont mes domaines de compétences, et au contraire sur quels sujets ne puis-je pas m’exprimer ?
    • à qui je parle ? à mes collègues ? à des chercheurs ? à des informaticiens ? à des politiques ?
    • pourquoi je communique ? pour annoncer un événement ? pour proposer un service ? pour présenter un outil ?
    • quel est mon objectif final ? que l’on revienne vers moi par la suite ? que mes destinataires repartent avec un outil clés en main ?
    • etc.

Outre ce diagnostic à poser sur sa situation propre, il convient également de s’interroger sur son environnement et sur la situation générale de l’établissement / du service dans lequel on s’inscrit, en se posant des questions telles que :

  • Existe-t-il dans mon établissement des procédures particulières pour transmettre le message que je souhaite (ex. : mailing-list modérée, campagne de recueil des informations pour une newsletter, déclarations d’affichage, etc.) ?
  • Mon établissement interdit-il / décourage-t-il la diffusion de supports ou documents produits par d’autres (ex. : réutilisation de supports ou de matériel d’exposition) ?
  • D’un point de vue moins officiel, quel est le ton qui est d’usage pour parler des sujets que je souhaite ? Dans quelle mesure peut-on se permettre d’être informel ? Quelle est la position de l’établissement / du service vis-à-vis de la langue anglaise (ex. : faut-il parler de PGD ou de DMP) ?
  • Auprès de qui nouer ou renforcer des contacts ?
  • Quels sont les espaces appropriés pour nouer ces contacts ? la cantine / le restaurant administratif ainsi que les salles de pause ont immédiatement été identifiés comme des endroits propices !
  • Quels sont les moments appropriés pour nouer ces contacts ? Là encore, les moments de pause déjeuner / café ont été repérés comme des moments adéquats (surtout s’ils sont accompagnés de boissons chaudes…), mais aussi les pauses pendant les événements scientifiques type colloques

Enfin, se pose également la question des médias à employer pour diffuser son message, qui gagnent à être les plus nombreux et inclusifs possibles :

  • Mailing (en se demandant de qui les mails ont intérêt à émaner : d’une adresse générique ou d’une personne identifiée ? d’un service ou d’un autre (ex. : de la Direction de la recherche ou du SCD) ? Ne pas hésiter à utiliser la signature mail comme espace d’expression, en y incluant une image ou une infographie qui viendra renforcer le message ;
  • Communication papier (flyers, kakemonos, affiches, dépliants, cartes de visite) : elle suppose d’avoir mené en amont un travail de repérage des lieux/moments les plus adéquats pour mettre ces supports à disposition, mais présente l’avantage indéniable de permettre aux personnes touchées de repartir « avec quelque chose de concret en main ». Des expériences originales semblent avoir été menées avec des sets de tables déposés dans des plateaux de cantine et ayant remporté un franc succès ! De même, intégrer des flyers dans des pochettes d’accueil à des événements type séminaires d’accueil des nouveaux personnels ou congrès scientifique peut toucher des publics auxquels l’information ne serait pas parvenue autrement ;
  • Newsletter : message souvent bref mais renvoyant vers d’autres ressources, des pages web notamment ;
  • Réseaux sociaux : à utiliser si possible avec l’appui de community managers qui seront en mesure d’identifier les moments propices à de nouveaux messages, ainsi que de donner des conseils de forme pour toucher le public le plus large possible ;
  • Complices : les retours d’expérience sont finalement les meilleurs outils pour sensibiliser aux problématiques de gestion des données de recherche, et il est toujours très utile d’essayer de trouver un ou deux chercheurs volontaires pour compléter sa présentation par une intervention plus personnelle, et favoriser les échanges.

En somme, ce sujet de la communication auprès des chercheurs et autres porteurs de projets et chargés d’appui à la recherche soulève beaucoup de questions et assez peu de réponses, en tout cas de réponses qui soient universelles. En cela, il se rapproche beaucoup du sujet des données de la recherche & PGD lui-même, pour lequel on a pour l’instant bien davantage de questions que de réponses.

En cela, les FAQ qui se développent actuellement sur ces questions des données de la recherche en général et des PGD en particulier sont des outils précieux pour tous ceux qui cherchent à communiquer sur ces sujets. On citera notamment :

  • La FAQ de DoRANum, à laquelle toutes les personnes proposant des formations ou des sessions de sensibilisation aux données et aux PGD sont invitées à contribuer au niveau national ;
  • Le site Question/Réponse en IST de l’INRAE (service exclusivement à destination des personnels des unités INRAE) ;
  • La FAQ élaborée à l’occasion du hackathon Comment améliorer le dépôt et le partage de données de recherche ? tenu en janvier 2020 à l’Université Grenoble Alpes.

Et maintenant ?

Les contraintes imposées par la situation sanitaire exceptionnelle de cette année 2020 ont été l’occasion pour de nombreux établissements et services de repenser leur offre d’accompagnement aux plans de gestion, dans un contexte où les porteurs de projets nouvellement sélectionnés par les financeurs doivent s’atteler le plus souvent pour la première fois à ce type d’exercice.

L’accession de ce document au statut de livrable récurrent des projets de recherche peut donner l’opportunité d’y familiariser un nombre croissant d’acteurs de la recherche, y compris pour ceux qui ne portent pas de projets sur financements ponctuels, comme les doctorants ou les directeurs d’unités au niveau de leur structure. Restera alors aux personnels d’appui à la recherche à prolonger ce phénomène en s’efforçant de proposer de nouveaux types d’actions de sensibilisation pour aller encore plus loin dans l’approfondissement des bonnes pratiques de gestion des données : il reste du pain sur la planche pour le GT-DMP, alors n’hésitez pas à rejoindre notre liste d’échanges et à collaborer à notre espace de documents partagés !


Org mode, un compagnon de route pour les adeptes de data science et de recherche reproductible

Découvrir Orgmode : 2 meet ups

Tutoriel de Frédéric Santos

Quelques mots sur Org mode

En très peu de mots, Org mode pourrait être présenté comme le cousin germain des Jupyter notebooks. Org mode et les notebooks créés via Jupyter lab représentent 2 solutions particulièrement intéressantes et matures dans un contexte de recherche. Les interfaces interactives créées via Org mode et les Jupyter notebooks permettent à leurs utilisateurs de : développer, documenter (Markdown, HTML/CSS), gérer des citations BibTeX ou des équations, exécuter du code, à partir d’un seul et même document. 

Grâce à Babel, Org-mode permet donc d’exécuter des blocs de code à partir d’un même fichier texte. Fortran, Python, R, des scripts de traitement en Bash, des formules LaTeX, des images. 

Quels sont les avantages de ce type de solution pour des chercheurs.euses et des data scientists ?

(merci à Frédéric Santos – statisticien à l’UMR Pacea – et Christophe Halgand – ingénieur de recherche en calcul scientifique à l’Institut de Neurosciences Cognitives et Intégratives d’Aquitaine – pour leurs avis éclairants)

  • générer plusieurs formats d’exports à partir d’un même fichier : pratique pour créer des pages web facilement intégrables dans un site web
  • bénéficier des avantages de LaTeX … la complexité du langage en moins pour gérer des références internes, de la biblio
  • présenter des résultats sous forme de diaporamas qu’on peut modifier en direct : les visualisations comme les calculs sont mis à jour directement
  • créer des démonstrations permettant de répondre à un point spécifique (ex. démonstration mathématique), créer des tutos pour donner la possibilité d’interagir avec le code mais aussi de figer facilement les données en créant une page html
  • concevoir des supports pédagogiques interactifs
  • quand on est en situation de prise de notes : pouvoir créer des modules de code interactifs
  • rédiger des articles plus reproductibles : certes, un outil ne fera jamais tout car la méthode joue un rôle majeur, mais Org mode peut rendre de fiers services

Org-mode, un outil pour les happy few ? Pas vraiment, Org mode peut séduire un large public :

Whether you are a statistician or data scientist or algorithm/software developer, you will benefit from this elegant open-source tool for efficient and robust reproducible research. I will outline my favorite set-up (Virtual Machine, Linux, Emacs, LaTeX, CDLaTeX, R, ESS) and demonstrate its potential in statistical analysis and algorithm development.

(Chen 2018)

Org mode : vers la rédaction d’articles plus reproductibles. Échanges avec Frédéric Santos, R-addict et statisticien (UMR Pacea)

R-addict et statisticien, Frédéric Santos exerce ses missions au sein de l’unité mixte de recherche Pacea (De la préhistoire à l’actuel). Fr. Santos est chargé d’analyser, de définir et de mettre en œuvre les outils statistiques et informatiques pour la gestion et le traitement des données dans le cadre des projets de recherche de l’unité Pacea. Il anime également des formations à la statistique. 

Propos recueillis par Sabrina Granger, Urfist de Bordeaux

Comment se servir d’Org mode tout en appliquant les consignes impartis par les éditeurs aux auteurs ? Ne s’expose-t-on pas à des problèmes de non interopérabilité ? 

Tous les journaux acceptant les manuscrits en format LaTeX et fournissant des templates LaTeX sont compatibles. C’est le cas de toutes les revues PLOS, de Nature, de PNAS, à priori de toutes les revues Elsevier et Springer, etc. Il n’y a que chez Wiley que beaucoup de journaux n’acceptent que des manuscrits au format Word, parfois en plus avec des exigences de mise en forme fantaisistes… dans un tel cas, en effet, c’est pratiquement incompatible avec l’utilisation d’Org mode (ou alors, les difficultés liées au respect de la mise en forme deviennent supérieures aux bénéfices tirés de l’utilisation d’Org mode).

En fait, tout fichier Org mode peut être exporté en LaTeX en utilisant une classe LaTeX externe. Si l’éditeur la fournit (et fournit aussi un .csl ou un .bst pour le style biblio), c’est gagné : il n’y a rien de spécifique à faire.

Il faut aussi noter que de nouveaux systèmes de publication se développent en dehors du giron des éditeurs classiques, comme les “Peer Community In” (NDLR : voir aussi les supports du workshop 2018 Urfist de Bordeaux sur le peer review) . Comme il s’agit d’un système de peer-review sur la base de preprints déposés sur arXiv ou bioRxiv, l’auteur a toutes les libertés imaginables en termes de mise en forme, et peut employer les outils qui lui plaisent sans se soucier de leur compatibilité avec les normes des éditeurs.

Sous quel format le fichier est-il envoyé à la revue, quels formats de sortie peut-on gérer ? 

Par exemple chez Elsevier ou Springer, le manuscrit initial peut être envoyé comme un simple PDF, sans fichier source éditable. Un fichier source éditable doit ensuite être fourni avec la première révision. On peut alors envoyer le fichier PDF généré par Org mode (qui sera consulté par les reviewers), ainsi que le fichier .tex (qui sera utilisé par l’éditeur) exporté à partir du document Org mode. Tout ce que souhaitent les éditeurs, c’est d’avoir un .tex éditable : peu importe si le fichier .tex a été tapé directement en LaTeX, ou converti/exporté en LaTeX depuis un fichier Org mode, Rmarkdown ou Jupyter.

Puis-je facilement revoir le manuscrit collaborativement avec ce type de solution ? 

Oui et non ! Si les co-auteurs connaissent eux aussi Org mode (ou Rmarkdown) et Git, on peut faire un petit dépôt GitLab ou GitHub pour orchestrer et coordonner tout ça. Mais ce n’est pas encore répandu dans toutes les disciplines.

Si aucun autre co-auteur ne connaît ces outils et qu’aucun ne veut/peut les apprendre, alors une solution est de faire le manuscrit en Rmarkdown, d’exporter le Rmarkdown en Word, de transmettre le Word aux co-auteurs, et ensuite d’utiliser le package R “redoc” qui permet de répercuter automatiquement sur le fichier Rmarkdown les modifications faites dans le Word. 

C’est à l’heure actuelle la seule solution qui existe pour travailler “en mode notebook” avec des co-auteurs qui ne veulent pas le faire ; il n’existe encore aucun équivalent en Org mode ou Jupyter à ma connaissance.

Soumettre un papier de cette manière, ça change surtout la vie des reviewers ou celle de l’auteur ?

Clairement les deux ! 

Pour l’auteur, écrire un article en Word est une galère abominable ; écrire un article en Rmarkdown ou Org mode tient presque du plaisir (je suis sérieux !). En plus, on est sûr de ne pas écrire de bêtises, on gagne du temps en s’assurant que toute modification faite en cours de route sur les données sera automatiquement répercutée sur l’ensemble des résultats sans avoir rien à faire, on a absolument tout dans le même fichier (texte, code, figures, tables, résultats, et même lettre à l’éditeur, réponse aux reviewers, et même mails envoyés par des collaborateurs si on veut !), etc

Org mode a également la particularité d’offrir des fonctionnalités de gestion de projet pour planifier très précisément l’avancée du travail. On peut établir un planning, fixer des dates limites par tâche, mettre des “timers”, des priorités, des tags, des statuts, suivre le % d’avancement pour chaque tâche, etc. Bref, tout devient plus simple, et complètement centralisé. Un dernier avantage évident pour l’auteur : on gagne fortement en potentiel de citation, parce que l’article devient à la fois plus “crédible” et transparent, et parce qu’il sert également d’exemple auquel d’autres chercheurs peuvent se référer.

Pour les reviewers, cela les prédispose très favorablement à faire des commentaires plus agréables sur le papier, et cela leur garantit aussi que l’auteur ne “triche” pas sur ses données (cela leur épargne aussi des vérifications manuelles).

Org mode, c’est ok pour un papier, mais quid d’un livre ou une thèse?

Voici un exemple de livre écrit à 100% en Org mode. Il n’y en a pas encore énormément à ma connaissance, mais Org mode est très clairement l’outil le plus adapté à la rédaction de documents très longs mêlant texte, code informatique, et résultats de ce code. Pour des documents très courts ou des petites notes/présentations, Jupyter peut être une solution plus légère.

Une seconde alternative, ciblant spécifiquement les manuscrits de thèses, est le package R Huskydown, , voir le template de l’Université George Washington :

This project provides a template for writing a PhD thesis in R Markdown, and rendering those files into a PDF formatted according to the requirements of the University of Washington. It uses the University of Washington Thesis class to convert R Markdown files into a PDF formatted ready for submission at UW. This project was inspired by the thesisdown and bookdown packages. Currently, the PDF and gitbook versions are fully-functional, and are the focus of this package. The word and epub versions are in development, have no templates behind them, and are essentially calls to the appropriate functions in bookdown. If you are new to working with bookdown and rmarkdown, please read over the documentation available in huskydown PDF template (which you can create by following the simple instructions below) and the bookdown book. Under the hood, the University of Washington Thesis LaTeX template is used to ensure that documents conform precisely to submission standards. At the same time, composition and formatting can be done using lightweight markdown syntax, and R code and its output can be seamlessly included using rmarkdown

Découvrir Org mode

Chen, Feiming. 2018. ‘Organizing Research Projects with an Efficient Open-Source Tool (Emacs Org-Mode)’. presented at the Washington  Statistical Society, October 23. http://washstat.org/presentations/20181024/Chen_F.pdf.

Schulte, Eric, and Dan Davison. 2011. ‘Active Documents with Org-Mode’. Computing in Science & Engineering 13 (3): 66–73. https://doi.org/10.1109/MCSE.2011.41.

Stanisic, Luka, Arnaud Legrand, and Vincent Danjean. 2014. ‘An Effective Git And Org-Mode Based Workflow For Reproducible Research’. Operating Systems Review 49: 61–70. https://doi.org/10.1145/2723872.2723881.

Se former

07/04/2020, Bordeaux (campus de Talence) : Meet up : Org mode versus Jupyter lab (notebooks). Tu crois que tu sais interagir avec du code ? [annulé en raison des mesures de prévention contre le covid-19]

 

Sprint science ouverte : éditer et traduire collaborativement le manuel Open Science Training Handbook de Foster Open science : 26/06/2020, 100% online

En raison des mesures de prévention contre le covid-19, le sprint initialement prévu en avril avait dû être annulé. Sprint is back, 100% online !

Objectifs

  • Concevoir la version française du manuel Open Science Training Handbook, de Foster Open Science : le texte sera disponible en accès ouvert
  • Découvrir des méthodes pédagogiques pour former à la science ouverte
  • S’initier à une méthode de travail collaborative et intensive

Dans le cadre de ce sprint édition et traduction, 2 types d’activités vous sont proposées : 

  • éditer la version française produite par l’association HackYourResearch à partir d’une solution de traduction automatique ; l’un des objectifs du projet est notamment d’enrichir la traduction obtenue automatiquement grâce aux expertises des participants
  • traduire de l’anglais vers le français les passages non traduits

Chaque participant·e sera amené.e à travailler sur les aspects édition et traduction. Le texte à traduire et à éditer a été sélectionné pour sa qualité. Il est disponible dans d’autres langues. La version produite par les participant·e·s sera à son tour éditée par une traductrice professionnelle.

Publics cibles :

Le sprint n’est pas une formation sur la science ouverte : le manuel à éditer et traduire se focalise sur des méthodes pédagogiques.

L’inscription est gratuite pour tous publics.