Auteurs : Loïc Desquilbet, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot, Nicolas Rougier

L’ouvrage est en accès libre, téléchargeable aux formats PDF et EPub.

URL pérenne : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02144142

5 auteurs issus de disciplines variées ont rédigé un ouvrage en français pour aider chercheurs comme personnels scientifiques à relever les défis de la reproductibilité de la recherche. Dette technique, code informatique abscons, tableurs indomptables, figures impossibles à reproduire (alors même que l’article a été accepté par la revue !), chaos numérique, etc. Les freins à la traçabilité de la recherche sont nombreux et d’ordre aussi bien technique que méthodologique.

Tout au long du livre, les auteurs proposent un panel de solutions dont certaines ne nécessitent aucune compétence technique avancée pour être mises en œuvre. L’ouvrage a pour vocation de s’adresser à un public large.

Mots clés : recherche reproductible ; transparence de la recherche ; science ouverte ; crise de la réplication ; open source ; open data ; data sharing ; réutilisation des données ; standardisation ; book sprint

Les contenus de l’ouvrage

L’objectif de cet ouvrage est de donner les outils pour comprendre les enjeux de la recherche reproductible. Celle-ci vise à donner l’opportunité à tout chercheur de vérifier ou d’obtenir de nouveau les résultats d’un autre chercheur, que ce soit pour établir des comparaisons ou pour s’en inspirer. Notons que cet autre chercheur peut être l’auteur des travaux lui-même : ce qui était clair à un moment donné ne l’est plus quelques semaines plus tard. Notre ambition est d’apporter des solutions avec un niveau de technicité varié, permettant à chacun d’améliorer sa pratique dans son domaine et selon ses moyens.

Le livre se structure en trois grandes parties :

– la première partie traite de la notion même de recherche reproductible selon différentes perspectives. Il s’agit de prendre pour point de départ des expériences “traumatiques” engendrées par des pratiques plus ou moins (moins en fait) propices à une recherche reproductible.

– la deuxième partie explicite les causes et les origines des différents problèmes auxquels chaque chercheur, quel que soit son degré d’expertise dans son domaine, peut être confronté un jour ou l’autre.

– la troisième partie présente enfin une sélection de solutions offertes par la recherche reproductible pour résoudre ou prévenir ces problèmes à l’échelle de chacun.

Desquilbet, Loïc, Sabrina Granger, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot, et Nicolas P. Rougier. Vers une recherche reproductible : Faire évoluer ses pratiques. Bordeaux : Urfist de Bordeaux, 2019.

Proposer des contenus, poser des questions aux auteurs

En créant une “issue” via GitHub ou en contactant l’Urfist de Bordeaux par mail (urfist/at/u-bordeaux.fr), il est possible de proposer des contenus, de poser des questions aux auteurs, tant sur les contenus que sur la méthode. Vous souhaiteriez proposer une traduction de l’ouvrage? Contactez-nous. https://github.com/rr-france/bookrr

Qu’est-ce qu’un book sprint?

La spécificité de cet ouvrage est d’avoir été rédigé dans le cadre d’un book sprint organisé par l’Unité régionale de formation à l’information scientifique et technique de Bordeaux (15-19/04/2019) : les auteurs ont rédigé tous les contenus et la table des matières ex nihilo. Pour en savoir + sur le projet

Un book sprint est un mode de rédaction collaboratif, pas seulement collectif. La notion de premier auteur n’existe pas.

Les auteurs

• Loïc Desquilbet, professeur en biostatistique et en épidémiologie clinique à l’école nationale vétérinaire d’Alfort 
• Boris Hejblum, maître de conférence en biostatistique à l’ISPED à l’Université de Bordeaux, rattaché à l’équipe SITSM dans le centre Inserm U1219 Bordeaux Population Health et Inria Bordeaux Sud-Ouest
  
• Arnaud Legrand, chercheur dans le domaine de l’évaluation (simulation, observation, statistiques, analyse de traces) et l’optimisation de performance de grandes infrastructures de calcul au Laboratoire d’informatique de Grenoble (LIG), pilote de l’équipe Polaris (Inria), co-pilote du Mooc “Recherche reproductible”
  
• Pascal Pernot, physico-chimiste et directeur de recherches au CNRS au Laboratoire de Chimie Physique à l’Université Paris-Sud
  
• Nicolas Rougier, chercheur en neurosciences computationnelles, membre de l’équipe Mnemosyne project (Inria) en association avec l’Institut des maladies neurodégénératives, le Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique, l’Université de Bordeaux et le CNRS.
  

En savoir plus sur les auteurs, découvrir les contributeurs

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