Archives de catégorie : Formations

Org mode, un compagnon de route pour les adeptes de data science et de recherche reproductible

Découvrir Orgmode : 2 meet ups

Tutoriel de Frédéric Santos

Quelques mots sur Org mode

En très peu de mots, Org mode pourrait être présenté comme le cousin germain des Jupyter notebooks. Org mode et les notebooks créés via Jupyter lab représentent 2 solutions particulièrement intéressantes et matures dans un contexte de recherche. Les interfaces interactives créées via Org mode et les Jupyter notebooks permettent à leurs utilisateurs de : développer, documenter (Markdown, HTML/CSS), gérer des citations BibTeX ou des équations, exécuter du code, à partir d’un seul et même document. 

Grâce à Babel, Org-mode permet donc d’exécuter des blocs de code à partir d’un même fichier texte. Fortran, Python, R, des scripts de traitement en Bash, des formules LaTeX, des images. 

Quels sont les avantages de ce type de solution pour des chercheurs.euses et des data scientists ?

(merci à Frédéric Santos – statisticien à l’UMR Pacea – et Christophe Halgand – ingénieur de recherche en calcul scientifique à l’Institut de Neurosciences Cognitives et Intégratives d’Aquitaine – pour leurs avis éclairants)

  • générer plusieurs formats d’exports à partir d’un même fichier : pratique pour créer des pages web facilement intégrables dans un site web
  • bénéficier des avantages de LaTeX … la complexité du langage en moins pour gérer des références internes, de la biblio
  • présenter des résultats sous forme de diaporamas qu’on peut modifier en direct : les visualisations comme les calculs sont mis à jour directement
  • créer des démonstrations permettant de répondre à un point spécifique (ex. démonstration mathématique), créer des tutos pour donner la possibilité d’interagir avec le code mais aussi de figer facilement les données en créant une page html
  • concevoir des supports pédagogiques interactifs
  • quand on est en situation de prise de notes : pouvoir créer des modules de code interactifs
  • rédiger des articles plus reproductibles : certes, un outil ne fera jamais tout car la méthode joue un rôle majeur, mais Org mode peut rendre de fiers services

Org-mode, un outil pour les happy few ? Pas vraiment, Org mode peut séduire un large public :

Whether you are a statistician or data scientist or algorithm/software developer, you will benefit from this elegant open-source tool for efficient and robust reproducible research. I will outline my favorite set-up (Virtual Machine, Linux, Emacs, LaTeX, CDLaTeX, R, ESS) and demonstrate its potential in statistical analysis and algorithm development.

(Chen 2018)

Org mode : vers la rédaction d’articles plus reproductibles. Échanges avec Frédéric Santos, R-addict et statisticien (UMR Pacea)

R-addict et statisticien, Frédéric Santos exerce ses missions au sein de l’unité mixte de recherche Pacea (De la préhistoire à l’actuel). Fr. Santos est chargé d’analyser, de définir et de mettre en œuvre les outils statistiques et informatiques pour la gestion et le traitement des données dans le cadre des projets de recherche de l’unité Pacea. Il anime également des formations à la statistique. 

Propos recueillis par Sabrina Granger, Urfist de Bordeaux

Comment se servir d’Org mode tout en appliquant les consignes impartis par les éditeurs aux auteurs ? Ne s’expose-t-on pas à des problèmes de non interopérabilité ? 

Tous les journaux acceptant les manuscrits en format LaTeX et fournissant des templates LaTeX sont compatibles. C’est le cas de toutes les revues PLOS, de Nature, de PNAS, à priori de toutes les revues Elsevier et Springer, etc. Il n’y a que chez Wiley que beaucoup de journaux n’acceptent que des manuscrits au format Word, parfois en plus avec des exigences de mise en forme fantaisistes… dans un tel cas, en effet, c’est pratiquement incompatible avec l’utilisation d’Org mode (ou alors, les difficultés liées au respect de la mise en forme deviennent supérieures aux bénéfices tirés de l’utilisation d’Org mode).

En fait, tout fichier Org mode peut être exporté en LaTeX en utilisant une classe LaTeX externe. Si l’éditeur la fournit (et fournit aussi un .csl ou un .bst pour le style biblio), c’est gagné : il n’y a rien de spécifique à faire.

Il faut aussi noter que de nouveaux systèmes de publication se développent en dehors du giron des éditeurs classiques, comme les “Peer Community In” (NDLR : voir aussi les supports du workshop 2018 Urfist de Bordeaux sur le peer review) . Comme il s’agit d’un système de peer-review sur la base de preprints déposés sur arXiv ou bioRxiv, l’auteur a toutes les libertés imaginables en termes de mise en forme, et peut employer les outils qui lui plaisent sans se soucier de leur compatibilité avec les normes des éditeurs.

Sous quel format le fichier est-il envoyé à la revue, quels formats de sortie peut-on gérer ? 

Par exemple chez Elsevier ou Springer, le manuscrit initial peut être envoyé comme un simple PDF, sans fichier source éditable. Un fichier source éditable doit ensuite être fourni avec la première révision. On peut alors envoyer le fichier PDF généré par Org mode (qui sera consulté par les reviewers), ainsi que le fichier .tex (qui sera utilisé par l’éditeur) exporté à partir du document Org mode. Tout ce que souhaitent les éditeurs, c’est d’avoir un .tex éditable : peu importe si le fichier .tex a été tapé directement en LaTeX, ou converti/exporté en LaTeX depuis un fichier Org mode, Rmarkdown ou Jupyter.

Puis-je facilement revoir le manuscrit collaborativement avec ce type de solution ? 

Oui et non ! Si les co-auteurs connaissent eux aussi Org mode (ou Rmarkdown) et Git, on peut faire un petit dépôt GitLab ou GitHub pour orchestrer et coordonner tout ça. Mais ce n’est pas encore répandu dans toutes les disciplines.

Si aucun autre co-auteur ne connaît ces outils et qu’aucun ne veut/peut les apprendre, alors une solution est de faire le manuscrit en Rmarkdown, d’exporter le Rmarkdown en Word, de transmettre le Word aux co-auteurs, et ensuite d’utiliser le package R “redoc” qui permet de répercuter automatiquement sur le fichier Rmarkdown les modifications faites dans le Word. 

C’est à l’heure actuelle la seule solution qui existe pour travailler “en mode notebook” avec des co-auteurs qui ne veulent pas le faire ; il n’existe encore aucun équivalent en Org mode ou Jupyter à ma connaissance.

Soumettre un papier de cette manière, ça change surtout la vie des reviewers ou celle de l’auteur ?

Clairement les deux ! 

Pour l’auteur, écrire un article en Word est une galère abominable ; écrire un article en Rmarkdown ou Org mode tient presque du plaisir (je suis sérieux !). En plus, on est sûr de ne pas écrire de bêtises, on gagne du temps en s’assurant que toute modification faite en cours de route sur les données sera automatiquement répercutée sur l’ensemble des résultats sans avoir rien à faire, on a absolument tout dans le même fichier (texte, code, figures, tables, résultats, et même lettre à l’éditeur, réponse aux reviewers, et même mails envoyés par des collaborateurs si on veut !), etc

Org mode a également la particularité d’offrir des fonctionnalités de gestion de projet pour planifier très précisément l’avancée du travail. On peut établir un planning, fixer des dates limites par tâche, mettre des “timers”, des priorités, des tags, des statuts, suivre le % d’avancement pour chaque tâche, etc. Bref, tout devient plus simple, et complètement centralisé. Un dernier avantage évident pour l’auteur : on gagne fortement en potentiel de citation, parce que l’article devient à la fois plus “crédible” et transparent, et parce qu’il sert également d’exemple auquel d’autres chercheurs peuvent se référer.

Pour les reviewers, cela les prédispose très favorablement à faire des commentaires plus agréables sur le papier, et cela leur garantit aussi que l’auteur ne “triche” pas sur ses données (cela leur épargne aussi des vérifications manuelles).

Org mode, c’est ok pour un papier, mais quid d’un livre ou une thèse?

Voici un exemple de livre écrit à 100% en Org mode. Il n’y en a pas encore énormément à ma connaissance, mais Org mode est très clairement l’outil le plus adapté à la rédaction de documents très longs mêlant texte, code informatique, et résultats de ce code. Pour des documents très courts ou des petites notes/présentations, Jupyter peut être une solution plus légère.

Une seconde alternative, ciblant spécifiquement les manuscrits de thèses, est le package R Huskydown, , voir le template de l’Université George Washington :

This project provides a template for writing a PhD thesis in R Markdown, and rendering those files into a PDF formatted according to the requirements of the University of Washington. It uses the University of Washington Thesis class to convert R Markdown files into a PDF formatted ready for submission at UW. This project was inspired by the thesisdown and bookdown packages. Currently, the PDF and gitbook versions are fully-functional, and are the focus of this package. The word and epub versions are in development, have no templates behind them, and are essentially calls to the appropriate functions in bookdown. If you are new to working with bookdown and rmarkdown, please read over the documentation available in huskydown PDF template (which you can create by following the simple instructions below) and the bookdown book. Under the hood, the University of Washington Thesis LaTeX template is used to ensure that documents conform precisely to submission standards. At the same time, composition and formatting can be done using lightweight markdown syntax, and R code and its output can be seamlessly included using rmarkdown

Découvrir Org mode

Chen, Feiming. 2018. ‘Organizing Research Projects with an Efficient Open-Source Tool (Emacs Org-Mode)’. presented at the Washington  Statistical Society, October 23. http://washstat.org/presentations/20181024/Chen_F.pdf.

Schulte, Eric, and Dan Davison. 2011. ‘Active Documents with Org-Mode’. Computing in Science & Engineering 13 (3): 66–73. https://doi.org/10.1109/MCSE.2011.41.

Stanisic, Luka, Arnaud Legrand, and Vincent Danjean. 2014. ‘An Effective Git And Org-Mode Based Workflow For Reproducible Research’. Operating Systems Review 49: 61–70. https://doi.org/10.1145/2723872.2723881.

Se former

07/04/2020, Bordeaux (campus de Talence) : Meet up : Org mode versus Jupyter lab (notebooks). Tu crois que tu sais interagir avec du code ? [annulé en raison des mesures de prévention contre le covid-19]

 

Accompagner la rédaction aux plans de gestion de données [PGD / DMP] : de l’appui aux chercheurs à la formation de formateurs

Billet rédigé conjointement par Amélie Barrio (URFIST Occitanie) et Justine Ancelin-Fabre (URFIST de Paris).

Rédiger un plan de gestion des données de la recherche ne s’improvise pas : il est aujourd’hui une des pièces indispensables pour répondre à un appel à projet européen, national et de plus en plus régional ou local. Accompagner les chercheurs dans cette étape a été l’une des premières réponses apportées par les organismes de formations (Réseau des URFIST, Inist, Enssib, etc.) dans ce cadre. Aujourd’hui, face à l’augmentation de la demande, la question de la formation de formateurs a été posée et une première session organisée à Paris en janvier dernier.

Le plan de gestion de données, une pièce maîtresse du projet de recherche ?

Qu’est-ce qu’un PGD ?

Il est habituel de rappeler, au cours de formations ou d’ateliers de sensibilisation à la question des données de la recherche, qu’il n’existe pas de définition universelle de ce terme « données ». Le concept de plan de gestion de données (PGD, autrement appelé DMP pour Data management plan), en revanche, semble avoir des contours moins mouvants, même si là encore on manque d’une définition officielle[1]. Selon l’une d’entre elles, l’on pourrait dire d’un PGD qu’il s’agit d’« un document formalisé explicitant la manière dont seront obtenues, documentées, analysées, disséminées et archivées les données produites au cours et à l’issue d’un processus ou d’un projet de recherche. »

Si d’autres définitions existent, toutes tournent autour des mêmes notions :

  1. L’unicité : le PGD est le vecteur idéal pour rassembler au sein d’un même écrit des informations pouvant être disséminées chez différents acteurs (chercheurs, techniciens, partenaires du secteur privé…) ou dans différents documents (accords de consortium, chartes éthiques etc.) ;
  2. La formalisation : le PGD prend à l’heure actuelle l’aspect d’un document textuel, dans lequel il est nécessaire de rédiger des phrases qui aient du sens, dans une langue nationale (ou internationale) définie. C’est qu’il est encore (trop) souvent identifié comme une pièce administrative destinée à des évaluateurs qui en prendront connaissance, avec d’autres éléments de dossier, en vue d’accorder ou non des subventions. Dans un deuxième temps, le PGD pourra être lu par les équipes qui collectent ou manipulent les données concernées, voire in fine par un public tiers qui souhaitera prendre connaissance du processus d’élaboration des données produites ou utilisées par le projet, ou faire du PGD un objet de recherche en lui-même ;
  3. La planification de projet : l’emploi des termes « au cours et à l’issue d’un processus ou d’un projet de recherche » rappelle que la rédaction et l’utilisation d’un PGD ne sauraient être cantonnées à des projets limités dans le temps, mais concernent tout individu ou équipe susceptible de produire ou manipuler des données, de quelque nature que ce soit. On trouve ainsi des PGD proposés par des établissements ou laboratoires de recherche, ou par des organismes publics non scientifiques.

Même si les premiers bénéficiaires de la rédaction d’un plan de gestion de données sont les rédacteurs eux-mêmes, et avec eux, l’ensemble de l’équipe de recherche dont les données sont décrites, force est de constater que l’intérêt pour ces documents est indissociable des pratiques actuelles de pilotage de la recherche scientifique par projet.

La Commission européenne, engagée depuis longtemps sur ces thématiques par le biais de diverses recommandations à ses États membres en faveur de l’accès ouvert à l’information scientifique et technique, a exigé dès 2016 la fourniture de plans de gestions de données pour les projets qu’elle subventionne. En France, l’Agence nationale de la recherche (ANR) a indiqué que les projets qu’elle finance devront dorénavant non seulement diffuser en accès ouvert les publications liées à ces projets, et les données sous-jacentes en libre accès, mais qu’il sera également indispensable de fournir un plan de gestion de ces données.

À l’heure où près des deux tiers des financements de la recherche publique française proviennent d’appels à projets dont les initiateurs sont de plus en plus nombreux à exiger des plans de gestion, la demande d’accompagnement à la rédaction se pose d’autant plus que les PGD rédigés sont loin d’être tous accessibles en ligne. Il donc nécessaire d’identifier la ou les personnes susceptible(s) d’assurer cet accompagnement dans sa structure ou son établissement, disponible sur Cat Opidor.

Quels acteurs dans la rédaction de plans de gestion ?

Les porteurs de projet sont en première ligne dans cette mission de rédaction de plan de gestion, car censés être les mieux à même de connaître les données qu’ils collectent et manipulent. Ils se retrouvent bien souvent nommément désignés dans ce document, de façon à endosser la responsabilité des traitements subis par les données.

Cependant, la rédaction d’un plan de gestion ne saurait être une entreprise solitaire. Même si les points à aborder dans un PGD peuvent connaître des variantes en fonction des modèles existants et des exigences des financeurs, un socle commun (souvent proposé sous forme de checklists et autres récapitulatifs, ou au sein de réflexions plus approfondies comme celle de Science Europe) peut être dégagé de ces différentes pratiques, et il en ressort que la diversité des aspects à prendre en compte dans une bonne gestion de données nécessite de faire appel aux compétences d’interlocuteurs variés (informaticiens, juristes, chargés de valorisation, etc.).

Parmi eux, les professionnels de l’information scientifique et technique (IST), qu’ils soient bibliothécaires, documentalistes, archivistes, sont souvent sollicités (ou volontaires) pour collaborer à la rédaction de PGD ou proposer un accompagnement à cette démarche[2]. On peut ainsi penser aux data champions de l’université de Cambridge, membres d’un réseau de soutien aux chercheurs sur ces questions, et interlocuteurs tout désignés pour participer à la rédaction.

Les documentalistes de laboratoires sont depuis bien longtemps en charge de tâches qui dépassent le domaine traditionnel de la gestion de collections documentaires. Quant aux SCD, ils se positionnent de plus en plus comme « des espaces privilégiés pour concevoir des offres dédiées aux données de la recherche, [qui] agissent en transversalité dans les établissements et répondent aux enjeux de la science ouverte. » Dans certains cas, de nouveaux postes de chargé(e) de mission Données de la recherche ou assimilé sont même créés dans les établissements de recherche, et rattachés aux SCD afin de développer de nouveaux services autour de la donnée, comme le Data Lab de la BNU de Strasbourg ou celui de l’Université de Lorraine. Des notions comme l’interopérabilité des formats de métadonnées, la nécessité de recourir à un vocabulaire normalisé ou l’intérêt de mettre des ressources scientifiques à la libre disposition de tous font en effet bien souvent partie intégrante de leurs travaux quotidiens, et peuvent être mis à profit dans de nouveaux services aux chercheurs qui dépassent le cadre de la rédaction d’un plan de gestion en particulier. La familiarité des professionnels de la documentation avec la notion de travail en réseau est en outre un atout considérable pour aborder cette tâche de rédaction collaborative de PGD.

Quels rôles à jouer pour les professionnels de l’IST ?

Les ex-Universités Paris Descartes et Paris Diderot ont été parmi les premières institutions à s’emparer de la question des plans de gestion des données de recherche, en proposant notamment dès 2015 un modèle personnalisé et un guide de rédaction respectant les principes FAIR, tous deux mis à jour en 2018.

En fonction des disparités de tutelles et de fonctionnement dans les établissements, les professionnels de l’IST confrontés à ces questions s’interrogent :

  • Selon quel plan d’action sensibiliser les chercheurs d’un laboratoire ou d’une institution ? à qui parler PGD en premier, et en quels termes ?
  • Comment toucher certaines équipes de recherche ou communautés disciplinaires moins concernées par les exigences des financeurs, ou persuadées qu’elles n’ont pas forcément leur part à jouer dans la rédaction de tels documents car elles ne portent pas elles-mêmes les projets retenus ?
  • Comment faire évoluer la conception du PGD de « énième document administratif » à « guide indispensable de bonnes pratiques pour le quotidien » ?
  • Comment faire en sorte que les bonnes pratiques de gestion de données décrites dans un PGD soient étendues à la vie quotidienne d’un laboratoire de recherche ?
  • Comment se tenir au courant des nouveautés tant administratives et juridiques que scientifiques et pédagogiques, sur une question en évolution rapide et constante ?
  • Quelles ressources sont à la disposition des professionnels IST en charge d’accompagner des PGD, et comment procéder pour participer à leur co-création et à leur enrichissement ? comment savoir « ce qui fonctionne » ou ne fonctionne pas quand on parle PGD avec les chercheurs et leurs partenaires de travail ?
  • Comment intégrer dans les services aux chercheurs l’accompagnement aux données de la recherche ? Comment impulser une culture de la donnée auprès de la communauté de recherche ?

Toutes ces questions ont amené les différents acteurs de la formation à se poser la question de l’accompagnement terrain nécessaire pour monter en compétences sur ces thématiques et répondre au mieux aux besoins de sensibilisation et de formation. Au-delà des premières actions de formations déployées sur le territoire, notamment dans les URFIST de Strasbourg et Toulouse, la nécessité d’un groupe de travail a émergé pour favoriser les échanges et pratiques.

Accompagner les accompagnateurs : naissance d’un groupe de travail en 2019

Genèse du GT-DMP

En 2013, l’INRAE (ex-INRA) a commencé à s’intéresser aux données de la recherche dans leur sens le plus large, par le biais de plusieurs groupes de réflexion dont les travaux ont donné naissance au site d’information DataPartage. L’un des groupes de travail avait également eu pour commande de produire un modèle de plan de gestion pour l’INRA, modèle qui s’est finalement subdivisé en plusieurs versions aujourd’hui disponibles et utilisables par tous sur le site DMP-OPIDoR.

Une enquête a en outre été menée en 2017 auprès des chercheurs s’étant créé un compte sur la plateforme DMP-OPIDoR, afin d’en savoir davantage sur les difficultés rencontrées et affiner la politique d’accompagnement de l’établissement. Là encore, des documentalistes de l’INRA ont pu faire profiter de leur expertise un certain nombre d’autres établissements en France, et intervenir dans les URFIST de Paris, Lyon et Rennes sur ce sujet.

Dans cette lignée, les interventions sur les données de la recherche et aux plans de gestion se sont multipliées ces dernières années dans le réseau des URFIST, aussi bien sous la forme d’une journée d’étude que de brefs ateliers au sein de laboratoires, de formations doctorales ou de stages ouverts à tous.

L’action de l’Inist-CNRS est également prépondérante sur cette thématique des données de la recherche en général et des PGD en particulier, notamment par le biais d’un certain nombre d’outils largement connus et utilisés :

  • La plateforme d’information et d’auto-formation DoRANum, co-portée par le réseau des URFIST ;
  • Le portail OPIDoR (Optimiser le Partage et l’Interopérabilité des Données de la Recherche), qui se décline en plusieurs services :
    • Cat-OPIDoR, wiki des services dédiés aux données de la recherche ;
    • PID-OPIDoR, service d’attribution d’identifiants pérennes de type DOI ;
    • et DMP-OPIDoR, outil d’aide à la rédaction en ligne de plans de gestion de données.

Outre ces outils mis à disposition de tous, l’Inist propose également une offre de formation sur de nombreux sujets d’information scientifique et technique, et intervient régulièrement au plan national sur la question des plans de gestion au sein de divers établissements. De plus en plus régulièrement sollicitées, les équipes de l’Inist ont éprouvé le besoin de constituer un réseau de formateurs, qui pourraient être à même de mailler l’ensemble du territoire afin de répondre de manière collaborative aux demandes reçues.

Du fait de ses missions totalement alignées avec ce besoin, le réseau des URFIST a ainsi été contacté par l’Inist à l’automne 2018, de même que l’ex-INRA. Une première réunion de réflexion s’est tenue en novembre, au cours de laquelle chaque participant(e) a pu faire l’état des formations qu’il ou elle avait eu l’occasion d’organiser ou souhaitait monter.

Devant la diversité des sollicitations et des pratiques, est vite apparu l’intérêt de constituer un groupe de travail plus large. Le début de l’année 2019 a donc été l’occasion d’associer, outre des membres supplémentaires du réseau des URFIST, des représentants d’autres établissements : l’ex-IRSTEA (aujourd’hui INRAE), qui avait déjà eu l’occasion d’organiser plusieurs actions de sensibilisation aux plans de gestion, ainsi que l’EHESS, en pleine réflexion sur les services à mettre en œuvre autour des données de la recherche et de son futur entrepôt Didómena, mais encore au stade de la réflexion concernant les PGD.

Et en juin 2019, ce sont finalement 21 personnes qui se sont réunies une journée à l’École des chartes, pour échanger de vive voix sur leurs retours d’expérience et attentes en termes de formation aux plans de gestion des données de la recherche.

Dans le vif du sujet : naissance d’une réflexion collective

Les profils des participants à la réunion de lancement des travaux de ce qui allait s’appeler le GT-DMP étaient assez variés : documentalistes, bibliothécaires, enseignants-chercheurs, informaticiens ou encore ingénieurs d’étude, tous formateurs ou en passe de le devenir. Chaque établissement représenté a pu présenter ses actions de formation et/ou de sensibilisation aux plans de gestion, mais aussi aux données au sens large. Des fiches descriptives de ces actions avaient été remplies et partagées en amont de la réunion, de façon à avoir une base commune de discussion et pouvoir plus facilement comparer les approches adoptées. En annexe de ces fiches, les supports utilisés[3] lors des actions décrites ont également été mis à la disposition du groupe.

L’Inist et les ex-INRA et IRSTEA, notamment, ont exposé plus en détail les programmes suivis et méthodes pédagogiques utilisées au cours de leurs formations et ateliers. Les supports de ces interventions sont régulièrement partagés en libre accès par ces institutions sur leurs sites internet.

Parmi les méthodes pédagogiques employées, le jeu sérieux a fait l’objet de plusieurs appropriations : par l’Inist en premier lieu, qui organise régulièrement des séances de son jeu de plateau GOpenDoRe, mais aussi par l’ex-IRSTEA, qui propose pour débuter ses formations un « jeu des définitions » à ses participants : confrontés à 9 termes en rapport avec les données de la recherche[4], ceux-ci doivent en trouver la meilleure définition.

L’ex-INRA, de son côté, a notamment présenté un exercice que plusieurs autres membres du GT se sont approprié par la suite, et qui consiste à mettre les stagiaires en position d’évaluateurs en leur fournissant des PGD rédigés, avec les grilles d’évaluation « officielles » utilisées par les relecteurs des projets H2020 ou de l’INRA.

La deuxième partie de la journée a été l’occasion de travailler collectivement à d’autres synopsis de formations aux PGD, voués à être testés et documentés pour être reproduits facilement par tout membre du groupe de travail. Après une réflexion collective sur les scénarios-types de formations pour lesquelles bâtir un synopsis, trois sujets ont été traités :

  1. Accompagnement d’un projet ANR ou H2020 : sensibilisation d’1h30 auprès d’un labo de recherche ;
  2. Formation doctorale : initiation aux PGD sur un format mixte, avec un « tronc commun » pouvant être suivi à distance et réutilisable dans d’autres formations + séance de 3h en présentiel à destination de gros effectifs dans des disciplines multiples ;
  3. Formation de formateurs ou de personnes-relais sur 2 jours, tout type d’établissement et toute discipline confondus.

Ces sprints d’ingénierie pédagogique ont permis la rédaction (complétée a posteriori) de deux synopsis, sur l’accompagnement de projet et la formation de formateurs.

Ils ont également été l’occasion de confirmer le fait que tous les formateurs sont confrontés au même problème, celui de n’avoir pas (encore) suffisamment d’exemples sur lesquels bâtir leurs interventions, qu’il s’agisse de :

  • Supports pédagogiques ;
  • Exercices / travaux pratiques adaptés à des profils, niveaux et disciplines très divers (portant sur des jeux de données réels ou fabriqués pour l’occasion, sur des mises en situation réelles ou inventées) ;
  • Plans de gestion rédigés (dans la bonne langue, selon le bon modèle et dans la bonne discipline) ;
  • Retours d’expériences concrets de rédacteurs et d’évaluateurs de PGD.

Une liste de diffusion (gt-dmp@groupes.renater.fr) a donc été créée immédiatement après la réunion du groupe de travail, de façon à faciliter la veille collective et à permettre d’échanger ressources et liens utiles. En parallèle, un espace d’échanges de fichiers a été ouvert à tous les participants à la réunion au sein de la plateforme CoRe du CNRS, puis migré quelques mois plus tard au sein de l’espace Documents partagés lié à la liste de diffusion Renater.

Les mois qui ont suivi ont ainsi été l’occasion d’échanger plus avant sur nos expériences de formation, et de partager davantage de contenus. Les inscriptions à la liste de diffusion ont également été rendues possibles pour tous, augmentant le groupe de travail à 40 personnes en mars 2020.

Du scénario à la réalisation : animation d’une formation de formateurs aux PGD, janvier 2020

Sept mois après le lancement officiel du GT-DMP, l’un des synopsis élaborés a été mis en pratique au cours d’une formation proposée par l’URFIST de Paris et l’URFIST Occitanie. 14 professionnels de l’IST, travaillant aussi bien dans des SCD qu’au sein de laboratoires, ont pu participer à ce stage de deux jours, intitulé « Accompagner la rédaction d’un plan de gestion de données (PGD) ou Data Management Plan (DMP) ».

Le programme, très largement inspiré des réflexions du groupe de travail, a fait alterner théorie et pratique, échanges et études de cas concrets. Sur deux jours, l’objectif était de proposer aux stagiaires des éléments de réponse sur les points suivants :

  • À quoi ressemble exactement un PGD ?
  • De quelles informations se compose-t-il ?
  • Sur quelles compétences sa rédaction repose-t-elle ?
  • Comment les professionnels de l’IST, qui ne travaillent pas directement sur les données, peuvent-ils assister les chercheurs dans la rédaction d’un tel document ?
  • Quels outils sont mis à disposition pour accompagner la rédaction de PGD ?

Recueil des attentes des stagiaires, rédigées sur post-its

Recueil des attentes des stagiaires

La première demi-journée a été consacrée à une remobilisation de connaissances sur ce qu’est un PGD, et les notions qu’il peut aborder. Ce rappel a consisté en un balayage du déroulé du stage sur les plans de gestions proposé au catalogue de l’URFIST de Paris, lui-même fortement inspiré de la formation proposée par l’ex-INRA sur ce même format d’une journée. Il a été l’occasion d’une réflexion commune sur certaines thématiques parfois difficiles à exposer de manière claire, comme la notion de « produits de la recherche » utilisée par la plateforme DMP-OPIDoR, ou sur lesquelles on manque encore d’informations, comme l’estimation des coûts liés à la gestion des données.

Avis des stagiaires sur les différentes parties du déroulé de formation présenté : que faut-il développer, réduire, continuer à proposer, arrêter de proposer, commencer à proposer.

Les avis des stagiaires sur le déroulé de formation présenté.

L’après-midi a été l’occasion de travailler en sous-groupes sur les principes FAIR, et sur leur traduction concrète dans les plans de gestion de données. Chaque sous-groupe s’est vu attribuer un des quatre principes, et a dû réfléchir à la façon dont il pourrait aider une équipe de recherche à compléter la partie de PGD correspondante. Des exemples de plans de gestion rédigés étaient à leur disposition, même si les parties de ces plans en relation avec le principe FAIR étudié pouvaient être de plus ou moins bonne qualité.

Les participants ont ainsi réfléchi aux différentes notions à la fois centrales et périphériques évoquées par leur principe FAIR et à l’importance à leur accorder dans le PGD, mais aussi aux ressources, tant humaines que bibliographiques ou informatiques, qu’il serait utile de mobiliser pour compléter correctement un plan de gestion.

L’ensemble de ces pistes de réflexion a ensuite été replacé dans le contexte du modèle de PGD proposé par l’ANR, car si celui-ci ne met pas les principes FAIR autant en avant que le modèle de la Commission européenne, il est tout de même fondamental de le compléter en gardant ces principes à l’esprit.

Les points à aborder pour remplir les questions de PGD qui portent sur les principes FAIR.

Les principes FAIR dans un PGD : un vaste programme.

La deuxième journée du stage a commencé par une matinée consacrée à l’ingénierie de formation et aux techniques pédagogiques. En écho à la réunion du groupe de travail du mois de juin, les stagiaires ont dû réfléchir en équipes à des scénarios d’actions de sensibilisation répondant à plusieurs contraintes :

  • Cas n°1 : présenter un service d’aide à la gestion des DR en 15 minutes devant un amphi de 200 personnes pour la rentrée de l’école doctorale
  • Cas n°2 : en séminaire de labo, on dispose d’une heure pour convaincre une trentaine de chercheurs et doctorants à rédiger des PGD
  • Cas n°3 : animer un atelier de 3h sur les PGD, ouvert à tous, dans le cadre de l’Open Access Week
  • Cas n°4 : pendant le créneau de la pause déjeuner (45 minutes), dans le hall de la BU, tenir un stand pour sensibiliser aux bonnes pratiques de gestion des données de la recherche (sans moyen informatique)

La matinée a également été l’occasion de présenter en détail les techniques d’animation utilisées par les membres du groupe de travail, telles que l’évaluation de PGD ou les jeux sérieux. Outre GOpenDoRe, les stagiaires ont ainsi pu s’essayer au jeu Libérez la Science : un jeu FAIR-play, proposé par le CIRAD.

Enfin, le stage s’est achevé par des travaux en sous-groupes sur des mises en situation scénarisées, pour lesquelles les participants devaient réfléchir à une stratégie globale d’accompagnement d’équipes de recherche :

  • Cas n°1 : un laboratoire de sciences de l’ingénieur travaillant régulièrement avec le secteur privé, dont les doctorants sont souvent sous contrat CIFRE et manipulent donc des données à la fois massives et soumises à un droit complexe ;
  • Cas n°2 : un laboratoire de SHS qui vient de remporter un appel à projet européen, et doit travailler et partager ses données avec d’autres unités de recherche dans des pays étrangers ;
  • Cas n°3 : un laboratoire de psychologie, à la croisée entre SHS et SVM, qui doit intégrer une nouvelle équipe de recherche qui arrive avec des pratiques de gestion qui lui sont propres et des données personnelles et sensibles.

Stratégies d'accompagnement mises en place par les stagiaires pour chaque cas pratique : recueil des idées sur des post-its.

Quelques pistes pour monter des stratégies d’accompagnement personnalisé.

Ces moments de réflexion ont ainsi été l’occasion de solliciter l’ensemble des notions abordées au cours du stage.

Enfin, voici à chaud les réflexions autour de l’évaluation du stage et des suites à lui donner.

Points forts Points faibles Pistes d’amélioration
  • Animation à deux voix ;
  • Variété des échanges entre les apprenants ;
  • Format deux jours avec alternance de théorie et de pratique ;
  • Sujet en forte croissance pour lequel les professionnels IST sont en demande forte de formations et de réponses.
  • Manque de familiarité de certains apprenants avec le concept de plan de gestion ;
  • Difficulté à explorer en profondeur les spécificités de tous les types de données rencontrés (hyperspécialisation de certains participants) ;
  • Orientations différentes des tutelles, qui ne permettent pas toujours de se projeter facilement dans la conception d’un service support ;
  • Manque d’éléments de réponse sur certains points (coûts éligibles gestion et diffusion des données H2020 et ANR par exemple).
  • Organiser un stage spécifique sur l’accompagnement des projets de recherche, au-delà de la question des PGD (prévu à l’URFIST de Paris à l’automne 2020) ;
  • Mieux promouvoir les outils et supports existants pour permettre aux participants de commencer à travailler la question des PGD en amont de la formation, et d’ainsi avoir davantage de retours d’expérience à partager (interface DMP-OPIDoR personnalisée pour son établissement, modèle de PGD pré-rempli, liste de discussion GT-DMP permettant d’obtenir des réponses de la communauté sur toute question liée aux données, etc.) ;
  • Coupler la formation avec un stage sur la communication (ex. : « Deux minutes pour convaincre un chercheur de l’utilité d’un PGD ») ;
  • Renforcer la distinction entre formation initiale sur les PGD et formation de formateurs, en insistant davantage sur les pré-requis.

Transformer l’essai

Proposer ce stage à Paris a permis de rassembler 14 personnes d’horizons différents et de toute la France. Toutefois, l’hétérogénéité des stagiaires quant à leur niveau de connaissance et d’appropriation de ces questions dans leur établissement a renforcé la nécessité de poursuivre en parallèle des stages d’initiation à la gestion et diffusion des données de la recherche à destination des professionnels IST.

Il est à souhaiter que cette formation de formateurs puisse être reproduite, notamment dans d’autres URFIST, en bénéficiant des retours de cette première expérience et, autant que possible, de nouveaux matériaux qui pourraient être produits dans les mois à venir. On peut notamment imaginer que les nouvelles exigences de l’ANR en matière de rédaction de PGD donneront lieu à la rédaction d’une grille d’évaluation et de supports d’accompagnement, ainsi qu’à des interventions de ses représentants au sein d’organismes de recherche et/ou de formation, pour mieux préciser les attentes de l’agence. On peut également espérer que davantage de plans de gestion seront rendus publics, notamment des plans qui suivraient les modèles H2020 ou ANR, de façon à donner une représentation disciplinaire plus complète et diversifiée que celle qui existe actuellement.

Dans cette direction, les participants au stage de janvier ont été encouragés à participer à la constitution collective d’un ensemble de ressources autour de l’évaluation de plans de gestion, l’idée étant de partager des « rapports d’évaluation » fictifs portant sur des plans rédigés jugés pertinents du fait de leur nature (ex. : PGD lié à une thèse de doctorat plutôt qu’à un projet de recherche « classique »), de leur langue de rédaction (ex. : rares PGD en français), de la discipline concernée (les PGD de SHS sont pour l’instant moins nombreux que ceux de SVM) ou du modèle de PGD suivi (encore peu de PGD rédigés selon le modèle H2020 par rapport à ceux qui suivent le modèle de la NSF par exemple). L’espace Documents partagés lié à la liste de discussion GT-DMP sur Renater est le lieu idéal pour constituer cette bibliothèque collaborative, et chacun est appelé à contribuer en proposant sa propre évaluation.

L’ensemble des participants au groupe de travail GT-DMP souhaite également poursuivre son action de veille et de signalement de ressources intéressantes, en priorité par le biais de sa liste de diffusion pour ce qui concerne les informations ponctuelles ou à courte durée de vie (ex. : annonce de colloque), mais aussi sur l’espace de partage de documents pour des matériaux plus durables.

Parmi les thématiques qui retiendront probablement notre attention dans les mois à venir, on peut citer les plans de gestion de données actionnables par machine (machine-actionable DMP ou maDMP), des PGD interactifs susceptibles d’être lus mais aussi complétés de manière automatisée par des applications tierces comme des logiciels de comptabilité ou des API d’entrepôts de données. Un tel fonctionnement permettrait de faciliter la tâche des rédacteurs, mais aussi d’envisager le plan de gestion comme un outil en continuelle évolution plutôt que comme un document figé dans le temps. On passerait ainsi du data management plan au data management records, qui se mettrait quasiment tout seul à jour au fil du projet de recherche.

De même, on gardera en tête l’évolution probable du data management plan vers le outputs management plan, sur le modèle de ce qu’exige à présent le Wellcome Trust par exemple, et que l’Inist-CNRS a intégré à son outil DMP-OPIDoR par le biais de la notion de « produits de la recherche ». C’est que la définition de données de recherche n’a jamais été aussi large, et que l’on commence à intégrer dans la réflexion sur leur bonne gestion l’ensemble des matériaux produits par les chercheurs, à l’exception (peut-être discutable) des publications scientifiques. Les programmes et logiciels, notamment, sont aujourd’hui en première ligne des interrogations sur ces produits de recherche, comme en témoigne une récente Note d’opportunité sur la valorisation des logiciels issus de la recherche ou une proposition de plan de gestion des logiciels (software management plan).

Le GT-DMP va maintenant s’atteler à poursuivre et encourager une réflexion collective autour de toutes ces thématiques, avec le souhait de renforcer le dialogue et la coopération de leurs différents acteurs. Une nouvelle réunion de travail sera ainsi programmée dans les mois qui viennent autour de ces questions, réunion qui sera documentée et dont les produits seront mis à la disposition de tous les membres de la liste de diffusion.

D’ici là, réflexions et échanges se poursuivront sur la liste de diffusion et au sein de l’espace de partage de documents qui lui est associé. Si le sujet vous intéresse, ne manquez pas de nous rejoindre !

 

Pour aller plus loin

Les professionnels de l’IST ont un rôle à jouer en matière de gestion des données de la recherche :

 

 

 


Notes

[1] À noter que, pour utiles que seraient des définitions « officielles » des notions de données de recherche, plan de gestion ou autre concept associé, une question fondamentale resterait à résoudre au préalable : qui serait en mesure de proposer de telles définitions pour qu’elles soient reconnues comme officielles ?

[2] Le groupe Données du GTSO Couperin propose un répertoire des services de soutien à la rédaction des plans de gestion de données.

[3] Ces supports sont librement accessibles dans l’espace Documents partagés de la liste de discussion Renater gt-dmp.

[4] Les 9 termes (ou expressions) étaient choisis parmi la liste suivante, à adapter en fonction des besoins, des publics et des disciplines : Données de la recherche, Métadonnées, Open Access, Data Paper, Directive INSPIRE, Plan de gestion des données, Réutilisation des données, Interopérabilité, Propriété intellectuelle, Horizon 2020, Donnée sensible, Archivage, Sauvegarde, Catalogage, FAIR.

L’identité numérique du chercheur : quel accompagnement ?

Suite à des demandes régulières d’intervention ces dernières années autour de l’identité numérique pour des doctorants et des enseignants-chercheurs, l’URFIST de Paris a récemment proposé une formation de formateurs dédiée à cette question. Cette formation sous forme d’ateliers était l’occasion de répondre au besoin d’accompagnement et d’échanges ressenti par un certain nombre de professionnels de l’IST (bibliothécaires, documentalistes, etc.) autour d’une préoccupation de plus en plus centrale pour le chercheur et son institution. Dans la continuité de cette formation, ce billet souhaite proposer des repères, des exemples, des retours d’expérience et des pistes d’action possibles pour accompagner au mieux les chercheurs.

Un grand merci à tous les participants de ces deux ateliers pour leur travail et leurs échanges !

Plan
Besoins et attentes des chercheurs
Positionnement des professionnels de l’IST
Retour sur l’atelier Formation de formateurs
Quels scénarios d’accompagnement pour quels buts ?
Former à l’identité numérique : points de vigilance
Conclusion

Cet article est également disponible en format PDF sur le site de l’URFIST de Paris.

Continuer la lecture

Former à l’intégrité scientifique en LSH : retour d’expérience de l’Urfist de Bordeaux

Historique du projet

Dans le cadre de la mise en œuvre de l’arrêté du 25 mai 2016[1] fixant le cadre national de la formation et les modalités conduisant à la délivrance du diplôme national de doctorat, l’école doctorale Montaigne Humanités (Université Bordeaux Montaigne) a sollicité l’Urfist de Bordeaux pour concevoir une offre de formation dédiée à l’intégrité scientifique. En effet, l’article 3 de l’arrêté indique que les écoles doctorales doivent désormais veiller à ce que chaque doctorant « reçoive une formation à l’éthique et à l’intégrité de la recherche[2] ».

Si l’arrêté du 25 mai 2016 constitue le point de départ du projet, la lettre de mission émanant de Sandro Landi, directeur de l’école doctorale Montaigne Humanités, étend le public cible du dispositif aux enseignants-chercheurs, chercheurs et personnels d’appui à la recherche. Il s’agit d’appréhender l’intégrité scientifique comme un enjeu d’établissement. Michel Pernot, délégué à l’intégrité scientifique et Frédéric Boutoulle, vice-président recherche de l’Université Bordeaux Montaigne, ont également été partie prenante du projet.

Entre péchés capitaux de la recherche et petits arrangements du quotidien

Ainsi que le rappellent P. Corvol et R. Gicquel, « il faut bien distinguer l’intégrité scientifique, c’est-à-dire les règles qui gouvernent la pratique de la recherche, de l’éthique de la recherche qui aborde de façon plus large les grandes questions que posent les progrès de la science et leurs répercussions sociétales[3] ». On peut également citer la définition de la commission de réflexion sur l’éthique de la recherche en sciences et technologies du numérique de l’Alliance des sciences et technologies du numérique (Allistene) : « L’intégrité scientifique passe par les bonnes pratiques, les comportements à adopter dans la recherche et à promouvoir dans les laboratoires[4] ». En d’autres termes, l’intégrité scientifique se situe essentiellement sur le terrain de la praxis.

L’expression « intégrité scientifique » est spontanément associée à la lutte contre les péchés capitaux de la recherche que sont la fraude, la falsification et le plagiat[5]. Certes, ainsi que le soulignent M. Bergadaà[6], P. Corvol et R. Giquel, il s’avère difficile de mesurer précisément l’ampleur du phénomène et son évolution, faute d’accès à des données détaillées. R. Gicquel et P. Corvol évoquent entre autres raisons le fait qu’il existe « une régulation non explicite[7] » par la communauté scientifique. Mais lorsqu’elles deviennent publiques, les affaires de plagiat ou de conflits d’intérêt font l’objet d’une très forte médiatisation. On peut citer par exemple l’affaire des plagiats du physicien Etienne Klein relayée par de nombreux médias généralistes en avril 2017.

Les piliers de la méconduite scientifique (fraude, falsification, plagiat) focalisent l’attention, mais L. M. Bouter et ses co-auteurs alertent sur la nécessité d’élargir le périmètre de la prévention à ce qu’ils nomment les « everyday research dilemma[8] ». En effet, selon l’étude, les pratiques de recherche douteuses menacent tout autant la recherche et la confiance entre chercheurs que la tricherie caractérisée :

In short, research misconduct as well as sloppy science threaten the validity of scientific knowledge and may also inflict damage to the trust between scientists and, if revealed in the media, may also damage public confidence in science[9].

Comment définir ces pratiques douteuses à l’origine de ce que L. M. Bouter et ses co-auteurs nomment la « sloppy science [10]» ? Ces écarts peuvent être volontaires ou non. Il s’agit par exemple de se livrer à un état de l’art sélectif. On ne se situe pas au cœur de la fraude, mais dans une zone intermédiaire. Toutefois, par leur fréquence et la gravité de leurs impacts, les pratiques douteuses ne représenteraient-elles finalement pas le cœur du problème plutôt que sa périphérie, ainsi que le suggèrent L. M. Bouter et ses co-auteurs ?

Our ranking results seem to suggest that selective reporting, selective citing, and flaws in quality assurance and mentoring are the major evils of modern research[11].

Si une offre de formation à l’intégrité scientifique peut difficilement faire l’économie d’une sensibilisation à la lutte contre le plagiat, la fraude et la falsification, elle ne devrait pas s’y résumer.

Ancrer l’intégrité scientifique dans les pratiques quotidiennes

Plutôt que de faire de l’intégrité scientifique un sujet de formation en soi, le parti a été pris de décliner une série de 5 modules traitant de problématiques particulièrement sensibles dans le domaine des lettres, langues, sciences humaines et sociales :

– « Citer ses sources en lettres, langues, sciences humaines : de l’exploitation des sources à l’éthique de la citation ».

Formateur : Pierre Gravier, conservateur des bibliothèques, direction de la documentation, Université de Bordeaux.

L’objectif principal de la formation est de permettre aux participants d’acquérir ou de consolider une méthodologie ad hoc en matière de traçabilité des sources. S’il existe des outils permettant d’automatiser la gestion des références bibliographiques, il n’en demeure pas moins que l’acquisition d’une méthode rigoureuse de citation demeure une étape incontournable.

– « Domestiquez vos données sources : organiser, fiabiliser et sécuriser ses données en SHS ».

Formateur : Michel Jacobson, ingénieur en informatique spécialisé dans la gestion de corpus numériques et l’archivage numérique, Laboratoire ligérien de linguistiques (UMR LLL). Formation organisée en partenariat avec la délégation régionale du CNRS.

Ce module s’adresse à des non spécialistes en informatique. Ce stage n’est pas une formation au data management plan ; il s’inscrit dans une perspective plus généraliste et traite des questions d’archivage, de normes, d’organisation des données, d’authentification, de description des données. Le formateur explique les enjeux inhérents au cycle de vie des données.

L’enjeu de la formation est double. Il s’agit d’une part de sensibiliser les participants au fait que la gestion des données sources ne relève pas d’un plan uniquement technique, mais scientifique ; et d’autre part, de démontrer qu’il est possible d’adopter  au quotidien de bonnes pratiques de gestion, sans être un spécialiste du numérique.

Programmer une formation dédiée à la gestion des données de recherche est apparu comme une priorité dans le cadre d’un cycle dédié à l’intégrité scientifique. En effet, la mise à disposition des données contribue notamment à une plus grande transparence de la recherche et constitue également un enjeu clé dans le domaine des lettres, langues, sciences humaines et sociales.

– « Gérer des données sensibles et des données personnelles : enjeux juridiques pour le chercheur »

Formatrice : Emilie Masson, juriste, service informatique et libertés du CNRS

– « La pratique du droit d’auteur pour le chercheur en LSH » Formatrice : Hélène Skrzypniak, enseignant-chercheur en droit de la propriété intellectuelle, Urfist de Bordeaux, Institut de recherche en droit des affaires et du patrimoine (Irdap)

 « De victime à auteur de plagiat : protéger son œuvre et ne pas franchir à son tour la ligne rouge » Formatrices : Sabrina Granger, conservateur des bibliothèques, Urfist de Bordeaux ; Hélène Skrzypniak, enseignant-chercheur en droit de la propriété intellectuelle, Urfist de Bordeaux, Irdap

Le choix des thématiques suit l’une des préconisations du rapport Corvol et Gicquel rappelant que « l’approche et la sensibilité sur les questions d’intégrité sont différentes selon les disciplines, même s’il existe une base commune d’éthique[12] ».

Le cycle s’achève sur un atelier intitulé « L’intégrité scientifique en action », animé par 3 intervenants aux profils complémentaires : Olivier Le Deuff, enseignant-chercheur en sciences de l’information et de la communication (IUT Bordeaux Montaigne ; unité de recherche « Médiations, Informations, Communication, Arts » Mica), Julien Baudry (conservateur des bibliothèques, service commun de la documentation, Bordeaux Montaigne) et Hélène Skrzypniak (enseignant-chercheur en droit de la propriété intellectuelle, Urfist de Bordeaux, Irdap). Les thèmes sont choisis par les inscrits. A la différence des formations, l’accent est essentiellement mis sur les échanges entre participants et animateurs : les participants deviennent co-responsables des contenus abordés. L’objectif est de permettre aux participants d’échanger sur leurs pratiques de manière plus informelle que dans le cadre d’une formation.

Ainsi que le souligne la présentation des formations conçues par l’Urfist pour l’école doctorale Montaigne Humanités, « l’objectif [des formations] est de mobiliser les doctorants par la pratique en leur démontrant que le respect de l’intégrité scientifique n’est pas une question exogène, mais qu’il s’inscrit dans leur quotidien et que des solutions concrètes peuvent être mises en œuvre[13] ». Tous types d’actions confondus, le cycle représente 48 heures de formation. Hormis l’atelier de clôture, chaque session dure entre 6 et 9h. Les modules sont indépendants les uns des autres afin de laisser toute latitude aux inscrits de construire leur parcours de formation personnalisé.

Adopter une approche non restrictive de l’intégrité scientifique

Le thème de l’intégrité scientifique est abordé à travers une pluralité de contextes. Il s’agit donc bel et bien de mettre l’accent sur les « everyday research dilemma » analysés par L. M. Bouter et ses co-auteurs. Les questions juridiques constituent un élément incontournable du cycle de formation. Toutefois, tout comme elle ne se réduit pas à la lutte contre le plagiat, l’intégrité scientifique excède également le seul périmètre juridique. Le souhait de l’école doctorale Montaigne Humanités était en effet d’adopter l’approche la moins restrictive possible.

C’est pourquoi une attention particulière a été portée d’une part à la traçabilité des sources et aux bonnes pratiques de citation. Il s’agit de donner aux participants des clés pour citer correctement une référence et ne pas devenir plagiaire malgré eux. Les formations traitent également des zones grises de la citation (citations de complaisance, citations de seconde main, auto-plagiat) ainsi que leurs conséquences sur la qualité des travaux scientifiques.

D’autre part, la gestion et de la fiabilisation des données sources constituent également des thèmes étroitement articulés à celui de l’intégrité scientifique : comment mettre à disposition de ses pairs des données à des fins de partage, ou de validation si ces informations ne sont ni correctement structurées, ni référencées de manière satisfaisante ? L’objectif de cette formation animée par un spécialiste de la gestion de corpus numériques est de sensibiliser des non informaticiens aux prérequis pour une science plus ouverte et plus transparente. Ainsi, les thématiques des données de la recherche et de l’open science résident au cœur de l’offre de formation à l’intégrité scientifique.

En guise de bilan d’étape

Les plus : une très forte adéquation entre contenus et besoins. Les questionnaires de satisfaction complétés par les participants à l’issue de chaque formation font état d’un niveau de satisfaction élevé. Le format d’une journée ou d’une journée et demie n’a pas été jugé trop long par les participants, dans la mesure où l’accent était mis sur la pratique dans les stages organisés sous forme de TD.

Si le cycle de formations a pour objet l’intégrité scientifique plus que l’éthique, les questionnaires d’évaluation ainsi que les retours directs des participants mettent en lumière le fait que les formations représentent autant d’occasion d’adopter un regard plus réflexif sur leurs pratiques et leur rapport à l’activité même de recherche. Ainsi, la consolidation ou l’acquisition de méthodes ouvre des questionnements de nature épistémologique. Dans le cadre de la formation sur le plagiat, la séquence dédiée à la paraphrase et aux pratiques douteuses de citation donne par exemple lieu à des échanges nourris entre participants, allant bien au-delà des seules questions formelles.

Les marges de progression : un hiatus entre besoins et attentes. Les questionnaires d’évaluation témoignent d’une prise de conscience de l’étendue des besoins réels à l’occasion de la formation. Le travail sur la médiatisation de ces formations à l’intégrité scientifique constitue un enjeu majeur pour la prochaine édition du cycle.

Sources

« Arrêté du 25 mai 2016 fixant le cadre national de la formation et les modalités conduisant à la délivrance du diplôme national de doctorat »

BERGADAÀ, Michelle, Le Plagiat académique : comprendre pour agir, Paris, L’Harmattan, 2015, 228 p.

BOUTER, Lex M., TIJDINK, Joeri, AXELSEN, Nils[et al.], « Ranking major and minor research misbehaviors: results from a survey among participants of four World Conferences on Research Integrity », Research Integrity and Peer Review, vol. 1, 2016, p. 17.

COMMISSION DE RÉFLEXION SUR L’ÉTHIQUE DE LA RECHERCHE EN SCIENCES ET TECHNOLOGIES DU NUMÉRIQUE D’ALLISTENE, « Proposition de formation doctorale : initiation à l’éthique de la recherche scientifique », 2016.

CORVOL, Pierre et GICQUEL, Rémy, « Bilan et propositions de mise en oeuvre de la charte nationale d’intégrité scientifique », 2016.

SMALDINO, Paul E. et MCELREATH, Richard, « The Natural Selection of Bad Science », arXiv:1605.09511 [physics, stat], mai 2016, [En ligne : http://arxiv.org/abs/1605.09511].

UNIVERSITÉ BORDEAUX MONTAIGNE, « Formation à l’éthique de la recherche et à l’intégrité scientifique – Université Bordeaux Montaigne », [En ligne : http://www.u-bordeaux-montaigne.fr/fr/ecole-doctorale/diplomes-et-formations/formations-proposees-par-l-ed/integrite-scientifique.html]. Consulté le22 juin 2017.

Descriptifs détaillés des formations

Intitulé Objectifs Publics cibles
« Citer ses sources en lettres, langues, sciences humaines : de l’exploitation des sources à l’éthique de la citation » Appliquer correctement des normes de citations, connaître les usages en termes d’abréviations et de locutions latines

Identifier les pratiques de citation potentiellement problématiques pour ne pas devenir plagiaire malgré soi

 

En complément : « Publication scientifique, communication », in Pratiquer une recherche intègre et responsable. Un guide, CNRS, CPU, mars 2017

Doctorants
« De victime à auteur de plagiat : protéger son œuvre et ne pas franchir à son tour la ligne rouge » Identifier les pratiques douteuses de citation

Rappel des bonnes pratiques : citations directes, paraphraser dans le respect du droit d’auteur, définir un auteur

Caractériser le plagiat d’un point de vue juridique

Comprendre le plagiat comme système d’écriture : jeu de rôle plagiaire et détracteur de plagiat. Les participants sont répartis en 2 groupes. Ils sont amenés à tour de rôle à produire un plagiat à partir d’une sélection de sources et de consignes d’écriture. Cette fabrique du plagiat est documentée via un journal de bord du plagiaire. Puis, dans un second temps, les groupes échangent leurs productions et doivent détecter les distorsions apportées aux sources. La restitution permet de faire dialoguer détracteurs de plagiat et plagiaires sur les techniques utilisées, les éléments identifiés ou non.

Doctorants
« Domestiquez vos données sources : organiser, fiabiliser et sécuriser ses données en SHS » Mettre en œuvre une méthodologie de gestion de ses données sources

Identifier les cas critiques et sécuriser ses données

Tous publics enseignement et recherche
« La pratique du droit d’auteur pour le chercheur en lettres, langues, sciences humaines et sociales » Connaître les droits et les devoirs des chercheurs Tous publics enseignement et recherche
« Gérer des données sensibles et des données personnelles : enjeux juridiques pour le chercheur » Identifier les données appelant un traitement spécifique : qu’est-ce qu’une donnée personnelle, une donnée sensible ?

Identifier les enjeux juridiques liés à la collecte de données sensibles

Acquérir une méthode pour gérer les questions d’anonymat, de diffusion.

Tous publics enseignement et recherche
« Ateliers « L’intégrité scientifique en action » Identifier les mécanismes qui conduisent à la fraude pour s’en prémunir : ex. crise de l’édition et de ses modèles économiques ; dangers et dérives d’une évaluation centrée sur des indicateurs inadaptés, les conflits d’intérêts, etc.

Comprendre le processus de recherche et positionner sa démarche dans un environnement scientifique

Tous publics enseignement et recherche

[1] « Arrêté du 25 mai 2016 fixant le cadre national de la formation et les modalités conduisant à la délivrance du diplôme national de doctorat ».

[2] Ibidem.

[3] Pierre Corvol et Rémy Gicquel, « Bilan et propositions de mise en œuvre de la charte nationale d’intégrité scientifique », 2016, p. 24.

[4] Commission de réflexion sur l’éthique de la recherche en sciences et technologies du Numérique d’Allistene, « Proposition de formation doctorale : initiation à l’éthique de la recherche scientifique », 2016, p. 9.

[5] « Most researchers, when asked to give examples of breaches of research integrity will mention fabrication, falsification, and plagiarism, whereas only few can mention more than some [questionable research practices] items. », in Lex M. Bouter, Joeri Tijdink, Nils Axelsen[et al.], « Ranking major and minor research misbehaviors: results from a survey among participants of four World Conferences on Research Integrity », Research Integrity and Peer Review, vol. 1, 2016, p. 17, p. 2.

[6] Michelle Bergadaà, Le Plagiat académique: comprendre pour agir, Paris, L’Harmattan, 2015, 228 p.

[7] Pierre Corvol et Rémy Gicquel, op. cit., p. 35.

[8] Lex M. Bouter[et al.], op. cit., p. 7.

[9] Ibidem, p. 2.

[10] Sur le thème de la crise de la qualité de la recherche, cf. Paul E. Smaldino et Richard McElreath, « The Natural Selection of Bad Science », arXiv:1605.09511 [physics, stat], mai 2016.

[11] Lex M. Bouter[et al.], op. cit., p. 7.

[12] Pierre Corvol et Rémy Gicquel, op. cit., p. 38.

[13] Université Bordeaux Montaigne, « Formation à l’éthique de la recherche et à l’intégrité scientifique – Université Bordeaux Montaigne », [En ligne : http://www.u-bordeaux-montaigne.fr/fr/ecole-doctorale/diplomes-et-formations/formations-proposees-par-l-ed/integrite-scientifique.html]. Consulté le22 juin 2017.

DoRANum BSN: des ressources de formation et d’auto-formation sur les données de la recherche

Le réseau des Urfist est engagé dans un nouveau chantier avec l’Inist-CNRS sous l’égide de la Bibliothèque Scientifique Numérique. Ci-dessous la présentation du projet qui est ouvert aux partenariats.

Le projet DoRANum (Données de la Recherche: Apprentissage NUMérique à la gestion et au partage) a pour objectif de mettre en place un dispositif de formation à distance d’accès coordonné, intégrant différentes ressources d’auto-formation sur la thématique de la gestion et du partage des données de la recherche. Existantes ou créées dans le cadre du projet, ces ressources proposeront plusieurs parcours et modes d’apprentissage. La diversité des ressources et la complémentarité des modes et parcours devraient permettre de répondre aux attentes et usages des publics visés: chercheurs, enseignants-chercheurs, doctorants et professionnels de l’information des établissements d’enseignement supérieur et de recherche.

Le projet, soutenu financièrement par le Ministère, fait partie des actions de la Bibliothèque Scientifique Numérique (BSN). Il associe principalement le réseau des Urfist (Unités Régionales de Formation à l’Information Scientifique et Technique) et l’Inist-CNRS ainsi que des membres du segment 9 (“Formation, compétences et usages”) et 10 (“Données de la recherche”) de la BSN et des représentants de la communauté de l’enseignement supérieur et de la recherche.

Le groupe projet est composé de membres des services Formations et Valorisation des données de la recherche de l’Inist-CNRS et de l’Urfist de Nice, référent pour le réseau des Urfist dans ce projet. Deux ingénieurs pédagogiques sont recrutés spécifiquement pour le projet et sont basés respectivement sur le site de l’Inist à Nancy et à l’Urfist de Nice (rattachée et soutenue par l’Université de Nice Sophia-Antipolis).

Méthode

L’objectif global du projet, à savoir l’adoption des bonnes pratiques de gestion et de partage des données de la recherche par la communauté scientifique, se déclinera selon des actions ciblées et pourvues d’un agenda de réalisations.

Les thématiques prioritaires de formation seront identifiées à partir des problématiques élaborées par BSN10. Elles seront déclinées selon les publics (métiers et appartenances disciplinaires) et les modalités seront accordées à ces différents types de publics selon une vision globale. En particulier les professionnels de l’information seront amenés à être des relais de formation et l’un des résultats du projet sera de leur offrir une boîte à outils « formateur » comprenant des scénarios de formation adaptables en fonction de leur situation locale.

Le projet inclura des distanciels de différents types: tutoriels multimédias, classes virtuelles, webinaires, etc. afin de proposer des parcours diversifiés aux apprenants. Il prendra en compte dans la définition de ses actions aussi bien les sites d’information existants ou en cours d’élaboration que des formations en présentiel, en particulier celles réalisées par des partenaires. Ainsi par exemple le réseau des Urfist ou d’autres partenaires pourront programmer des formations en liaison avec les réalisations du projet.

Actions prioritaires

Le projet se déploie sur deux ans (2016 et 2017).

Les actions prioritaires pour la 1ère phase du chantier:

    • recensement des ressources informationnelles et pédagogiques existantes
    • actions visant à enrichir l’offre de formations en terme de contenus et de thématiques ; 3 thèmes prioritaires sont retenus pour cette 1ère phase:
      • Aide au dépôt des données : choix de l’entrepôt, métadonnées, licences, identifiants…
      • Enjeux et bénéfices de la gestion et du partage des données de la recherche
      • Données de la recherche : aspects juridiques et éthiques
    • actions visant à enrichir l’offre de formation en terme de formats et de modalités:
      • dissémination des classes Webex via le réseau des Urfist
      • expérimentations de productions à la volée à l’occasion de présentiels (formations, événements scientifiques, interviews)

Gouvernance et partenariats

Le Comité de Pilotage réunit les instances directement impliqués (CNRS (Dist et Inist), réseau des Urfist, BSN9 et BSN10).

Le groupe de travail réunit, outre les ingénieurs en charge du projet, des experts et des partenaires.

En particulier, trois types de partenariats sont envisagés:

1/ Les partenaires désireux de produire des distanciels sur la gestion et le partage des données de la recherche en liaison avec notre projet. Un partenariat actif permettrait d’organiser des complémentarités, de partager les compétences et d’éviter les redondances.

2/ Les partenaires qui réalisent ou prévoient de réaliser des formations en présentiel sur la gestion et le partage des données de la recherche. Le partenariat pourrait reposer sur un échange où le partenaire apporterait son contenu et l’équipe du projet développerait des distanciels liés à la formation du partenaire, utilisables par celui-ci.

3/ Les partenaires-relais et béta-testeurs qui seraient volontaires pour tester et diffuser les distanciels produits par le projet, éventuellement en les articulant avec des actions en présentiel.

Contacts pour les partenariats: Paolo Lai (Inist-CNRS), Michel Roland (Urfist, BSN9), Joanna Janik (Dist-CNRS, BSN9)

(logo non officiel. © F. & C. Garelli)

La JNE 2014 « Nouvelles formes de communication et d’évaluation scientifiques » en distanciel sur Jalon

L’Urfist de Nice met en ligne en version bêta un distanciel interactif (un « sooc »[1]) basé sur les interventions de la Journée Nationale d’Étude Urfist 2014: « Nouvelles formes de communication et d’évaluation scientifiques : perspectives et légitimités ». Sous la supervision de Gabriel Gallezot et de Michel Roland, il a été réalisé par Florence Garelli[2] via Jalon, la plateforme pédagogique de l’UNS, et Zaption. Les clips ont été équipés de questions, et de sous-titres en français lorsque l’intervention était en anglais. Concrètement, le visionnage des clips vidéo est interrompu par des questions (vrai/faux, choix multiple ou question ouverte) portant sur l’intervention ou sur le support fourni par l’intervenant, et le « stagiaire » doit répondre à la question pour continuer son visionnage. La formation est accessible sur téléphone mobile via un navigateur ou l’application Zaption.

> Lien vers la formation ouverte

Il s’agit pour nous d’expérimenter la réalisation d’un outil d’auto-apprentissage actif à partir de communications comme celles de la journée d’étude. La formation est en version bêta, c’est-à-dire que toutes les fonctionnalités ne sont pas implantées. Pour l’instant l’accès aux exercices est libre et non évalué. Il est possible cependant d’obtenir une attestation de suivi de stage qui sera délivrée après vérification que l’ensemble du parcours avec ses douze activités a été réellement réalisé. Il y a sans doute des erreurs et des approximations dans les sous-titres ou dans la formulation des exercices, voir des bugs. C’est pourquoi nous sommes très demandeurs de remarques critiques et d’appréciations, de détail aussi bien que sur l’ensemble du projet[3] .

FG 150331

  1. small online open course
  2. Urfist de Nice et Service des Pédagogies Innovantes de l’Université de Nice Sophia-Antipolis
  3. en commentaire ici, par courriel à urfist@unice.fr ou via le questionnaire en fin de formation.

Enquête sur la formation à Information Scientifique Numérique (BSN9 & Enssib)

L’Enssib vient de mettre en ligne sur son portail des marchés publics un appel d’offres afin de:

« Fournir une vue synthétique de la formation à l’IST (Information Scientifique et Technique) en contexte numérique dans l’enseignement supérieur et la recherche publics. »

Cette enquête est lancée à l’initiative du segment 9 de la Bibliothèque Scientifique Numérique et elle est supportée par l’Enssib.

Extrait du Cahier des clauses techniques et particulières:

« La présente consultation a pour objet de fournir une vue synthétique de la formation à l’IST (Information Scientifique et Technique) dans un contexte numérique.

Trois lots sont soumis à la consultation.

Lot 1: Etat des lieux complet de la formation à l’IST (Information Scientifique et Technique) en contexte numérique dans l’enseignement supérieur et la recherche publics

Lot 2: Etude de cas de formation à l’IST en contexte numérique à l’étranger (2 ou 3 pays, vision synthétique)

Lot 3: Etat des enquêtes sur les pratiques numériques des acteurs de l’enseignement supérieur et de la recherche (en France et à l’étranger) depuis dix ans »

Toutes précisions sur le portail: http://enssib.marcoweb.fr/Portail/ (cliquer sur « Afficher toutes les consultations » puis « téléchargement » pour avoir le dossier complet).

N’hésitez pas à diffuser l’information auprès de prestataires éventuels.

Les Urfist sont sur Bibdoc

Les formations des sept Unités sont désormais signalées (via une alimentation automatique depuis les systèmes Sygefor de gestion des formations) sur le portail Bibdoc opéré par l’Enssib.

Certains réglages de détail restent nécessaires. Ainsi le coût « restant à la charge du stagiaire » indiqué au bas des fiches de formation ne concernent que les personnes qui ne font pas partie des publics de référence des Unités (enseignants-chercheurs, personnels de la documentation relevant de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche et doctorants). Les informations concernant le lieu des formations, les prérequis ou les sessions multples sont inexactes ou imprécises. Pour ces derniers les formations sont gratuites. Dans tous les cas, il est donc requis d’aller voir le détail sur le site de l’Urfist concernée (lien au bas de la fiche de formation Bibdoc).

Programmation des formations de l’Urfist de Nice pour le semestre

L’Urfist de Nice (Paca-C) met en ligne son programme du second trimeste universitaire (février – juillet 2013). Ce programme est susceptible de modifications, notamment d’ajouts.

Formations nouvelles

Quoi qu’il en soit des critiques ou des polémiques à son sujet, Wikipedia a modifié nos pratiques institutionnelles, et celles des étudiants en particulier. Comment intégrer cette réalité dans nos pratiques pédagogiques ou de médiation documentaire? (Première programmation)
à Marseille le 8 avril et à à Nice le 2 mai
Evaluer ce que les développements récents du web sémantique impliquent pour nos pratiques numériques, comme utilisateurs et comme producteurs (nouvelle formation de 3 heures)
à Nice le 18 février et à Marseille le 10 avril
« Métaveille » et médiation, utiliser les outils de type microblogging ou réseaux sociaux pour communiquer auprès des étudiants et des lecteurs (nouvelle formation de 3 h., complète la formation « Veille numérique (RSS) »
à Nice le 26 mars et à Marseille le 30 avril
Comment animer une séance de présentation au logiciel Zotero destinée à des étudiants de Master ou doctorat ?
à Nice le 28 mai et à Marseille le 30 mai

Continuer la lecture

Maîtrise de l’information et e-learning au 78e congrès IFLA (appel à communications)

La section Information Literacy de l’IFLA et le Groupe d’intérêt spécifique E-learning viennent de lancer un appel à communications pour le prochain congrès de l’IFLA à Helsinki.

78e Congrès IFLA
Congrès mondial des bibliothèques et de l’information
11- 17 Août 2012, Helsinki, Finlande

Appel à communications

Maîtrise de l’information et e-learning: que peut-on dire des usages et des résultats ?

La section Maîtrise de l’information et le Groupe d’intérêt spécifique E-learning lancent un appel à communications pour le 78e Congrès de l’IFLA qui aura lieu à Helsinki du 11 au 17 août 2012.

Le thème de cette session sera : Maîtrise de l’information et e-learning : que peut-on dire des usages et des résultats ?

Durant ces dix dernières années, le rôle potentiel de l’e-learning est reconnu dans les formations à la maîtrise de l’information, et plus largement dans l’éducation à la culture informationnelle. La formation en ligne est souvent considérée comme un moyen efficace pour étendre la présence des bibliothèques et atteindre des publics nouveaux grâce à des services innovants.

Tandis que les technologies de l’apprentissage et de la formation se développent, les bibliothécaires doivent faire évoluer leur conception des formations à l’information, particulièrement en terme de didactique et de pratique des nouveaux outils et systèmes d’information, pour aider les apprenants à acquérir des connaissances sociales en utilisant l’information de manière critique.

Le programme de cette session souhaite mettre l’accent sur des approches pratiques et théoriques, par exemple :
– L’e-learning a-t-il démontré qu’il est un moyen efficace au service d’un apprentissage individualisé et durable dans le domaine de la maîtrise de l’information ?
– Est-ce que l’e-learning permet aux bibliothèques de toucher de nouvelles populations, et de fournir à leur public des services ou des types d’apprentissage innovants ?
– Tandis que les tutoriels sont surtout utilisés dans le contexte universitaire pour faire face à des effectifs massifs d’étudiants, quelles politiques sont mises en oeuvre dans les bibliothèques publiques pour encourager l’apprentissage tout-au-long de la vie ?
– Quels sont les avantages pour les formations à la maîtrise de l’information d’utiliser les environnements numériques de travail ou les plateformes de cours en ligne comme Moodle, Blackboard, WebCT dans un contexte pédagogique mixte ? Quels sont les bénéfices de l’apprentissage collaboratif, avec des outils comme les forums, les wikis, le chat ou la classe virtuelle ?
– Quels aspects de la maîtrise de l’information (par exemple l’apprentissage des savoir-faire, la formation à l’information scientifique…) sont particulièrement adaptés à l’enseignement en ligne ? Quels éléments de l’e-learning sont les plus intéressants pour l’acquisition des compétences informationnelles ?
– De nombreux tutoriels sont spécialisés dans la recherche d’information ou la citation des sources ; la formation en ligne peut-elle dépasser ces objectifs et élargir son champ d’application ?

Les propositions, rédigées en anglais, comprendront les indications suivantes :
– Titre et résumé de la communication en 500 mots environ
– Renseignements sur le ou les auteurs (nom, institution et fonction)
– Brève information biographique de 50 mots maximum

La date limite pour la soumission des propositions est le 5 févier 2012. Les envois postérieurs ne seront pas pris en compte.
Les propositions sont à envoyer par mail à infolitelearning@gmail.com en mentionnant comme objet « IFLA proposal ».
Les propositions retenues seront notifiées pour le 14 mars 2012.

Communications
Les auteurs sélectionnés devront présenter la version définitive de leur communication pour le 14 mai 2012. Le texte devra être en anglais, ou dans l’une des langues officielles de l’IFLA (allemand, anglais, arabe, chinois, espagnol, français, russe), accompagné d’une traduction en anglais. La langue utilisée pour la session sera l’anglais. Les orateurs disposeront de 15 minutes de présentation suivies d’un temps de débat modéré avec les participants.
Merci de bien noter que les orateurs sont responsables des frais liés à leur participation au congrès (frais de transport, de mission, inscription au congrès). Au moins un des auteurs ou un représentant devra être présent. Quelques associations nationales peuvent aider à la prise en charge de certaines dépenses, et un petit nombre de bourses sont proposées (www.ifla.org/III/members/grants.htm )

Pour tous renseignements complémentaires, merci de contacter agnes.colnot@univ-rennes1.fr ou g.hallam@qut.edu.au
Pour consulter le texte de l’appel en anglais, voir : http://conference.ifla.org/ifla78/calls-for-papers/information-literacy-meets-e-learning-lets-talk-aboutinterconnections-and-o
Les informations en français sur le congrès d’Helsinki (appels à communications, réunions satellites, etc) se trouvent sur le site : http://cfi.ifla.free.fr