Archives de catégorie : Outils d’information

Catégorie sur tous les différents types d’outils de recherche, de traitement, de cartographie, de mémorisation, de gestion… de l’information

Delicious racheté par Avos

Encore un rebondissement dans le monde des gestionnaires de signets: Yahoo vient d’annoncer (27 avril) que Delicious a été acheté par les fondateurs de You Tube, Chad Hurley and Steve Chen.  Delicious deviendra un nouvel élément de leur nouvelle  compagnie, AVOS.  Sur le marché mouvant des plate-formes de gestion bibliographique et d’outils de gestion de signets sociaux, c’est donc une nouvelle de taille, après l’arrêt le 15 avril dernier de la plateforme 2collab d’Elsevier. Il faudra donc suivre de près le développement de ce nouvel outil.

http://www.avos.com/

Enquête sur les Pratiques Informationnelles des Chercheurs : Quelques Résultats

Le 6 octobre dernier nous vous sollicitions pour participer à une Enquête sur les Pratiques Informationnelles (EPI) des chercheurs lancée par l’Urfist de Nice avec la collaboration du laboratoire I3M. Le questionnaire en ligne a recueilli  681 réponses complètes et 325 incomplètes au 7 janvier 2011. Nous avions choisi d’interroger les chercheurs aussi bien sur leurs pratiques « professionnelles » que sur leurs pratiques informationnelles privées, « culturelles », ce qui rend le questionnaire relativement long (56 questions et une vingtaine de minutes pour y répondre) et dans ces conditions, le nombre de retours nous apparaît plutôt comme un succès (le questionnaire reste accessible ici). Les résultats les plus intéressants devraient apparaître après les croisements de données qui sont en cours mais d’ores et déjà les résultats bruts proposent des constatations intéressantes sur les usages:

  • Importance massive de la documentation numérique: moins de 20% des répondants consultent plus de documentation papier que de documentation numérique et près de 40% estiment à plus de 75% la proportion des documents numériques consultés. Pour près de 78% d’entre eux l’usage professionnel d’Internet dépasse les 2 heures par jour.
  • Faible utilisation des « murs » des bibliothèques : 66% des répondants ne se rendent jamais ou se rendent rarement en bibliothèque universitaire pour leurs recherches.
  • Les bibliothèques sont d’abord appréhendées plutôt selon leur fonction traditionnelle de réservoirs d’information que comme service et lieu de médiation. C’est vrai aussi des bibliothèques numériques, assez largement utilisées (49%) auxquelles on demande massivement (72%) du contenu en masse plutôt que de la sélection (23%).
  • Très faible utilisation des outils numériques spécifiques, en particulier les outils de mémorisation en ligne (moins de 5%), les fils de syndication (moins de 17%), les réseaux sociaux spécialisés…
  • Utilisation massive des outils Internet « grand public »: Google (95%), Wikipédia (70%, dont 47% dans un cadre académique) voire Facebook (34%). Une mention spéciale pour Google Scholar utilisé par 45% des répondants.

Ce qui semble apparaître ainsi c’est la coexistence entre un impact important du numérique et un certain conservatisme des pratiques et des conceptions. Les croisements avec les données d’âges (40 ans d’âge moyen) et de disciplines permettront d’affiner le paysage.

Plus de précisions après le saut…

Gabriel Gallezot & Michel Roland

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Edition et modification des styles Zotero

Un des principal reproche que l’on peut faire à Zotero, contrairement à un logiciel comme Bibus,  concerne l’édition et la modification des styles de publication existants afin de réaliser son « propre » style.  Une information à ce sujet, qui a mon goût, est peu relayée, et que l’on ne trouve pas si facilement que cela: il existe un utilitaire qui permet de personnaliser une feuille de style déjà existante (à condition toutefois de ne pas avoir peur de se mettre les mains dans le code…). Il faut pour cela utiliser un outil local dans Firefox en tapant « chrome://zotero/content/tools/csledit.xul » dans la barre d’adresse pour permettre l’édition et la modification d’un style pré-existant… Vous trouverez plus de détails  dans un tutoriel à l’adresse suivante

http://www.thomaslienhard.fr/TutorielZotero.html

J’en profite pour signaler également un autre outil très utile: « chrome://zotero/content/tools/cslpreview.xul », toujours à taper dans la barre d’adresse de Zotero, qui permet de visualiser dans une même fenêtre une ou plusieurs références bibliographiques dans tous les styles disponibles dans son propre Zotero.

EXplication de texte avec REFLECT

Reflect est un service gratuit qui met en valeur les gènes, protéines et noms de petites molécules sur une page web, en quelques secondes. En cliquant sur un terme tagué, une fenêtre affiche des informations complémentaires. Reflect peut être installé comme plugin pour Firefox ou Internet Explorer.

Le projet est maintenu par l’EMBL, en particulier la base dictionnaire qui contient 4,3 millions de noms de petites molécules et 1,5 millions de protéines de 373 organismes. Les informations affichées dans les fenêtres pop-up proviennent de différentes bases de données factuelles comme PubChem, PDBsum, SMART …

REFLECT fait partie de ces tentatives d’extraction d’entités nommées des pages web : noms de personnes, de lieux, d’entreprises… Cela apporte une réelle valeur ajoutée à la recherche d’information. Les sciences de la vie sont particulièrement actives dans la recherche de méthodes de text mining. La communauté a créé BioCreAtIvE (Critical Assessment of Information Extraction systems in Biology) pour évaluer ces développements.

Un petit exemple illustrera le produit :

1- Installez Reflect depuis http://reflect.ws
2- Recherchez des articles avec Scholar Google. exemple : allintitle: p53 thymocyte
http://scholar.google.fr/scholar?hl=fr&q=allintitle%3A+p53+thymocyte&btnG=Rechercher&lr=&as_ylo=&as_vis=03- Affichez un résultat :
http://www.nature.com/nature/journal/v362/n6423/abs/362849a0.html4- Cliquez sur le bouton Reflect : le logiciel analyse la page et met en valeur (tag) les noms de protéines et de gène (en bleu) et de petites molécules (en jaune).

Biblio

– Pafilis E, O’Donoghue SI, Jensen LJ, Horn H, Kuhn M, Brown NP, et al. Reflect: augmented browsing for the life scientist. Nat Biotech. 2009 27(6):508-510.

http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n6/full/nbt0609-508.html

– A critical assessment of text mining methods in molecular biology, Granada, Spain. March 28–31, 2004

http://www.biomedcentral.com/1471-2105/6?issue=S1

JPL

Bisbille dans l’open source …

LibreOffice, une suite bureautique libre et gratuite, est disponible en version finale 3.3.

Mais qu’est-ce que LibreOffice ?

L’année 2010 a connu des évolutions, changements de nom de produits phares des logiciels libres :

Ainsi OpenOffice est devenu Libre Office, MySQL est devenu SkySQL.

Cette situation n’est pas toujours très claire à comprendre.

Ces changements s’appellent des forks dans le monde de l’informatique. Un fork est un nouveau logiciel créé à partir du code source d’un logiciel existant lorsque les droits accordés par les auteurs le permettent, ce qui est le cas dans l’Open Source.

Ainsi le 28 septembre 2010 est créé The Document Foundation pour le développement de la suite LibreOffice, fork de la suite bureautique OpenOffice.org, par une communauté de développeurs et de contributeurs de cette dernière.

Ces divers développements avaient le soutien humain et financier de la société SUN issue de l’Université de Stanford. Le 20 avril 2009 Sun est racheté par Oracle Corporation.  Depuis la politique de soutien aux logiciels Libres n’est plus la même. ORACLE a une politique en contradiction avec l’open source d’où la création des forks par des développeurs insatisfaits du rachat de Sun Microsystems par Oracle Corporation.

On retrouve ce mélange des genres dans la publication scientifique avec le modèle hybride proposé par les éditeurs commerciaux.

JPL

ISIDORE : un moteur pour la recherche en SHS

Le TGE Adonis vient de lancer la plateforme de recherche ISIDORE , « Intégration de services, interconnexion de données de la recherche et de l’enseignement », annoncée comme le moteur de la recherche en Sciences Humaines et Sociales. Elle a pour objectif de proposer « sur un même espace des modalités d’interrogation, d’exploration, de travail et de construction de réseaux de chercheurs afin de promouvoir la rencontre optimale, entre une intégration de services, une interconnexion de données et des pratiques propres à des communautés de chercheurs« .

ISIDORE moissonne les notices, les métadonnées et le texte intégral à partir de bases de données, de revues scientifiques, de bibliothèques numériques et de sites web, actuellement 745 sources de données de données numériques regroupées en 35 collections. Les données sont enrichies sur la base de référentiels reconnus; l’interface propose une recherche aidée de mots clés issus de Rameau et Pactols, une navigation par critères : siècles, types de documents, disciplines, etc., par tags, des fonctions de partage; elle propose aussi, sur la  fiche de la ressource, différentes modalités de relance de la recherche et offre un aperçu de la ressource.

Le moteur de recherche s’utilise sur le site http://www.rechercheisidore.fr/, il peut aussi être intégré dans un environnement différent.

Plus d’explications sur le site du TGE Adonis.

Arrêt du moteur de recherche Ask.com

Le moteur Ask arrête son service de recherche basé sur une technologie issue de la société Teoma. La technologie Teoma a comme postulat que la société humaine et le Web se composent de multitudes de petites communautés. Ces dernières sont axées autour d’autorités et de hubs :

  • une autorité est un site qui possède des milliers de liens entrants,
  • un hub est un site qui possède des milliers de liens sortants.

En général, une autorité est liée par beaucoup de hubs et vice versa.

Il faut donc identifier autorité et hub à partir des liens entre sites.

voir SEO Nul.

En juillet 2010, Ask a lancer un service de questions/réponses : l’utilisateur pose une question en langage naturel et Ask cherche une réponse parmi une base de données de 500 millions de requêtes répertoriées. C’est un retour aux sources et à sa mascotte Buttler Jeeves, un valet qui présentait les réponses sur un plateau.

JPL

Sauvegarde des bases de données Zotero…

Certaines personnes rencontrent des difficultés à sauvegarder l’intégralité de leurs bases de données Zotero (références, notes, fichiers joints), notamment lorsque celles-ci s’avèrent être d’une taille conséquente (plusieurs centaines de références stockées). La sauvegarde des fichiers et des références sur les serveurs de Zotero.org en utilisant la synchronisation ne permet en effet pas de stocker un nombre de fichiers très importants (quelques dizaines de pdf tout au plus pour la solution de stockage gratuite). Par conséquent, la sauvegarde des fichiers joints d’une base de données Zotero importante ne peut être assurée en utilisant cette voie. Une solution alternative en utilisant la synchronisation peut être d’utiliser son propre serveur Webdav pour sauvegarder ses fichiers joints, pour ceux qui ont la chance de pouvoir mettre en place et/ou accéder à un serveur de ce type (ce qui n’est  bien entendu pas les cas de tout le monde…).

Une autre possibilité de sauvegarde passe par la procédure « Exporter la bibliothèque » (menu « Préférences ») en choisissant le format « Zotero RDF » et en y incluant les notes et les fichiers. Hélas, dans le cas de « grosses » bases de données, cette procédure est extrêmement longue (plusieurs heures…) et plante bien souvent avant la fin… L’export collection par collection de la totalité de ses données permet parfois d’aller au bout de la sauvegarde, mais s’avère particulièrement fastidieux…

Il existe une méthode alternative moins connue et cependant très efficace et simple à mettre en oeuvre pour sauvegarder l’intégralité d’une base Zotero (références, notes, fichiers joints), méthode que vous trouverez décrite à suivre à l’adresse suivante : [http://www.zotero.org/support/fr/zotero_data]. En quelques mots, (voir la procédure complète à l’adresse ci-dessus) Il s’agit simplement de copier en une seule fois, la totalité des données de sa base de données Zotero (références, notes, fichiers joints) présentes sur son disque dur, sur un support amovible (clé USB, DD amovible) et le tour est joué. Cette méthode, ne prend que quelques minutes et s’avère particulièrement robuste pour sauvegarder des bases de données d’une taille conséquente… Elle est tout aussi efficace pour transférer une base de données Zotero d’un ordinateur à un l’autre.

CB

Zotero Commons

Avec la version 2.1 (béta) de Zotero… vous pouvez désormais uploader vos documents sur Internet Archive , la roadmap de Zotero le prévoyait c’est fait !

Cela permet d’abonder Internet Archive de documents du « public domain » (à ne pas confondre avec « domaine public » qui a une autre signification en France), c’est à dire libres de diffusion au sens de l’Open Access. Internet Archive n’est pas (à ma connaissance) « OAI compliant » [<mise à jours> cf. le commentaire de J-C Peyssard : https://www.archive.org/services/oai2.php?verb=ListSets <mise à jours>] et est, comme les Archive Ouvertes,  bien indexée par les moteurs de recherche. Bref voilà un espace de stockage et un moyen de diffusion supplémentaires de vos documents qui ont le mérite d’être en relation directe avec « votre » logiciel de gestion de référence bibliographique (Zotero). Quelques remarques rapides qui peuvent ouvrir le débat :

  • Avant aussi j’avais un espace de stockage (plateforme Zotero ) que devient-il ? quel est la différence ? A priori l’un n’empêche pas l’autre, du coup ça augmente l’espace de stockage gratuit. (bon j’attends la fin de la synchronisation pour vérifier mon propos …mais c’est long ;-)) à suivre donc )
  • Il faudra bien distinguer  ce qui relève de documents que JE peux diffuser et ceux qui concernent ma bibliographie (message d’alerte au moment de l’upload, mais est-ce suffisant ?).
  • Les documents que je stocke et diffuse sur une Archive Ouverte seront des doublons si je stocke et diffuse sur Internet Archive via Zotero… l’idéal serait de pouvoir choisir son archive ou d’imaginer un cross-posting piloté par Zotero (on en demande toujours plus ;-)) …
  • Il semble qu’Internet Archive propose en plus « l’OCRisation » des documents (PDF), sympa… mais, là aussi j’attends le résultat (de 10 min à quelques heures selon zotero)… à suivre donc.
  • On peut uploader n’importe quel format (j’ai fait un test avec un « epub »), mais l’avantage du Pdf c’est l’interface de lecture proposée sur Internet Archive (viewer pdf)… j’ai pas pu tester si c’était correctement lisible sur un smarphone , liseuse ou tablette (j’en ai pas ! ;-(

A vos remarques !

Zotero commons sur Internet Archive

[ billets dupliqué de http://urfist.unice.fr/2010/09/29/zotero-commons/ ]

<mise à jour>

Zotero Commons et Group Librairies peuvent fonctionner ensemble

et après quelques temps de synchronisation le texte déposé en PDF est disponible en Gif, Epub, Kindle, Full text, Djvu.

</mise à jour>

Moteur sensitif pour internaute sensible

Un moteur sensitif… je ne savais pas que ça existait mais des collègues bordelais ou plutôt mérignacais (commune limitrophe) l’ont fait…Il s’appelle « Culture wok ». Il faut lui dire ce que vous aimez comme style de livre, film ou musique (drôle, émouvant, etc) et il vous propose un choix.

http://www.culturewok.com/

A tester.

MF Andral